Lediga jobb som Bioinformatiker i Solna

Responsibilities
Support omics data analysis for internal and client projects, collaborating closely with project teams and wet-lab scientists to interpret results
Participate in customer-facing technical service projects, providing bioinformatics analysis and technical support
Provide customer support for bioinformatics products, including guidance on analysis workflows, troubleshooting, and result interpretation
Receiving, organizing, and managing NGS sequencing data?Running established bioinformatics analysis pipelines
Developing, maintaining, or updating analysis pipelines to improve performance and robustness
Support the IT setup of the site team.

Qualifications
Degree in Bioinformatics, Biology, Computational Biology, Statistics, or a related field
Familiarity with NGS data analysis workflows and common bioinformatics tools
Experience with at least one of the following: R, Python, or Linux
Strong problem-solving skills and the ability to communicate technical concepts to both internal teams and customers

Preferred Qualifications
Experience with analysis of single-cell data or similar data structure.
Experience in building, automating, or maintaining bioinformatics pipelines
Prior experience in technical service, customer support, or client-facing roles

Location
Nobels väg 16,171 65, Solna, Sweden
How to Apply
Please submit your CV to ([email protected]). Visa mindre

We are rebels
IONLACE is a place for rebels. We are on a mission to rewrite the timelines of breakthroughs in medicine.
You will be joining a team with experience from leading biotechnology companies and institutions across the world. You will be working at the cutting edge of machine learning and synthetic biology. We operate as a fast-paced startup with our office and lab at the Karolinska Institute in Stockholm. Join us and build the future.


About the role
We’re looking for a Senior Computational Protein Engineer who combines deep protein engineering expertise with modern machine learning. In this role, you’ll apply and evaluate state-of-the-art AI models using proprietary datasets, rigorously analyze their outputs, and help prioritize the most promising designs for rapid experimental validation. You will be independently executing the design efforts of our protein engineering projects.


Responsibilities
Structural Bioinformatics
Apply tools and methods including structure prediction, sequence design, docking, homology modeling, and physics-based simulation. Use structure-based metrics (e.g., pLDDT, RMSD, interface energies) to analyze and prioritize in silico designs.
Data Engineering
Build, clean, and annotate large biologics datasets for model training, benchmarking, and continual learning.
Model Fine?Tuning & Evaluation
Fine-tune ML models, design meaningful benchmarks, run hyperparameter sweeps, and assess model performance across stability, affinity, and developability.
Cross?Functional Collaboration
Work closely with ML engineers to integrate data and models into production pipelines, and with wet-lab scientists to iterate quickly on experimental feedback.
Platform Innovation
Prototype new functionality by extending model architectures and feature representations.



Qualifications
Technical Expertise
BSc in Biology, Biochemistry, or a related field and a PhD in Computational Biology, Bioinformatics, ML-for-Biology, or equivalent experience.


Strong programming skills in Python, with a demonstrated ability to apply deep learning and classical ML to protein engineering challenges.
Deep understanding of protein sequence and structure, with experience in 3D modeling, functional analysis, and protein-protein interaction analysis.
Demonstrated capabilities in protein engineering campaigns and can drive outcomes individually.

Data Curation & Bioinformatics
Experience assembling and managing large-scale biological datasets, including sequence, structure, and assay metadata.


Familiarity with multiple sequence alignment (MSA), PDB handling, and feature extraction workflows.

ML Integration
Hands-on experience fine-tuning ML models for protein design or related tasks.


Comfortable working with modern MLOps stacks (Docker, Kubernetes, CI/CD, GitHub) to deploy and monitor models.

Execution & Ownership
Proven ability to thrive in a fast-paced, ambiguous environment—taking projects from concept to production.


Clear and effective communicator across computational and experimental disciplines.

Nice-to-Have
Experience with generative protein design methods (e.g., diffusion models, graph neural networks).


Contributions to open-source bio/ML projects or peer-reviewed publications in protein engineering.

Process
We review applications on a rolling basis—please submit yours as early as possible. Our team aims to respond within 2 weeks.
Hiring Steps:
Initial phone screen (15 minutes) – a short introductory call with a team member.


Main selection process:
Two 1:1 interviews focused on technical expertise and team fit


A technical interview with a representative task (including a brief presentation)
A culture fit interview, including a 20-minute presentation to a cross-functional audience



We aim to complete the full process within 4 weeks. All interviews are conducted via Google Meet. We do not use external recruiters.
IONLACE is an equal opportunity employer and we actively seek to create a diverse and inclusive workplace. We welcome applications from all qualified individuals regardless of their background.
Öppen för alla
Vi fokuserar på din kompetens, inte dina övriga förutsättningar. Vi är öppna för att anpassa rollen eller arbetsplatsen efter dina behov. Visa mindre

Vi söker nu en bioinformatiker för att stärka den pågående implementeringen av storskalig DNA-sekvensering inom den molekylära precisionsdiagnostiken inom cancer.

Kom och arbeta hos oss med den senaste tekniken på ett av världens mest avancerade sjukhus!

Du erbjuds
ett meningsfullt arbete där ditt arbete direkt påverkar patientvården
möjlighet att växa i ett tvärvetenskapligt team, ha flexibla arbetstider och möjlighet till hybridarbete
stöd för fortbildning och professionell utveckling, samt har en inkluderande kultur som värdesätter öppenhet, mångfald och respekt
en möjlighet att arbeta på ett av världens bästa sjukhus med vård i framkant.
Om tjänsten

Du blir en nyckelperson i ett multidisciplinärt team där du arbetar nära läkare, molekylärbiologer, bioinformatiker och mjukvaruutvecklare – både inom sjukhuset och i samarbete med Clinical Genomics vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab) samt forskargrupper vid Karolinska Institutet. Med hjälp av den senaste tekniken för storskalig DNA-sekvensering bidrar du till att ta fram träffsäkra molekylära diagnoser som gör verklig skillnad för patienterna.

I rollen kommer du bland annat att:

utveckla och underhålla bioinformatiska pipelines för cancerdiagnostik
validera analysflöden och säkerställa att de uppfyller regulatoriska krav för klinisk användning
samarbeta tätt med kliniker och forskare för att förstå behov, prioritera utveckling och säkerställa klinisk relevans
bidra till kontinuerlig förbättring, kunskapsdelning och innovation i en stöttande, tvärvetenskaplig miljö
delta i nationella och internationella samarbeten, såsom Genomic Medicine Sweden.
Vi söker
är självständig, initiativtagande och har ett strukturerat arbetssätt
trivs med att samarbeta i team och har lätt för att bygga goda relationer
har en stark teknisk förståelse för bioinformatik inom genomik och ett genuint intresse för att bidra till framtidens diagnostik.

Vi tror att mångfald av erfarenheter och perspektiv stärker vårt team och driver innovation. Även om du inte uppfyller alla krav nedan uppmuntrar vi dig att söka om du har rätt driv, kompetens och vilja att lära.

Kvalifikationer

Krav:

Magister eller ingenjörsexamen i bioinformatik, datavetenskap eller motsvarande högskoleutbildning
Erfarenhet av bioinformatik kopplat till storskalig DNA-sekvensering (NGS)
Goda programmeringskunskaper i Python
Goda kunskaper i Linux och shell-skriptning
Mycket god förmåga att uttrycka dig på engelska, både muntligt och skriftligt

Meriterande:

Doktorsexamen inom bioinformatik, bioteknik, medicin eller liknande område
God förståelse för cancergenomik
Erfarenhet av Nextflow eller Snakemake
Erfarenhet av versionshantering (t.ex. Git)
Erfarenhet av containertekniker (Docker, Singularity, Podman)
Erfarenhet av arbete i HPC-miljöer (High Performance Computing)
Erfarenhet av automatiserad testning, CI och strukturerad kod
Kunskap om verktyg för variantannotering och klinisk tolkning
Tidigare arbete inom vård, folkhälsa eller regulatoriska miljöer
Om rekryteringsprocessen

Urval och intervjuer kommer att ske efter semesterperioden.

I samband med din ansökan behöver du bifoga CV. Istället för ett personligt brev ber vi dig besvara urvalsfrågor samt kort motivera varför du passar för rollen. Att besvara frågorna är en förutsättning för att din ansökan ska anses komplett.

Varmt välkommen med din ansökan - Tillsammans är vi Karolinska!
Inför tillsättning av befattning som innefattar vård av barn och ungdom, kontrolleras den som erbjuds tjänsten mot misstanke- och belastningsregistret. https://www.karolinska.se/jobba-hos-oss/rekrytering-pa-karolinska/



Som anställd på Karolinska Universitetssjukhuset kan du komma att krigsplaceras. https://www.karolinska.se/jobba-hos-oss/var-arbetsplats/totalforsvarsplikt-allman-tjansteplikt-och-krigsplaceringar-pa-karolinska-universitetssjukhuset/



Om du är eller tidigare har varit anställd i Region Stockholm kommer vi att ta interna referenser från din nuvarande eller tidigare chef, om du blir aktuell för anställning.



För tillsvidaretjänster kan provanställning komma att tillämpas.



Om Karolinska Universitetssjukhuset

Vi på Karolinska Universitetssjukhuset är stolta över att vi är ett av världens främsta universitetssjukhus. Förutom vårt särskilda ansvar för den högspecialiserade vården i Stockholmsregionen är huvuduppdraget att tillsammans med Karolinska Institutet utbilda framtidens vårdanställda och bedriva världsledande forskning samtidigt som vi fortsätter vårt arbete med att utveckla vården för patientens bästa. Vi arbetar inom en rad olika områden och professioner.



Vår vision - Vi ska bota och lindra imorgon det ingen kan bota och lindra idag.



Läs gärna mer om oss på https://www.karolinska.se/ och följ oss på sociala medier!

Funktion Medicinsk Diagnostik Karolinska

Funktion Medicinsk Diagnostik Karolinska är en sammanslagning av Karolinska Universitetslaboratoriet och Bild och Funktion med laboratorieverksamhet, radiologi, nuklearmedicin, medicinsk strålningsfysik, radiofarmaci och strålsäkerhet inom Karolinska Universitetssjukhuset.



https://www.karolinska.se/om-oss/teman-och-funktioner/medicinsk-diagnostik-karolinska/



https://www.karolinska.se/for-vardgivare/karolinska-universitetslaboratoriet//

Att söka jobb i Region Stockholm

Vi eftersträvar jämställdhet och jämlikhet på vår arbetsplats och ser gärna sökande med olika bakgrund och förutsättningar.


Vi tar endast emot ansökningar via detta system. Ansök genom att klicka på knappen ”Ansök”. Ansökningar per brev eller e-post beaktas inte. Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt säljare av ytterligare jobbannonser.


Vårt rekryteringssystem kan inte hantera anonyma ansökningar eller sökande med skyddade personuppgifter. Om du har skyddade personuppgifter ber vi dig att kontakta den kontaktpersonen som finns angiven i annonsen. Din ansökan kommer då att hanteras utanför rekryteringssystemet. Du bör även vara försiktig med vilken information du lämnar i din ansökan och endast ta med information som är relevant för den aktuella befattningen.


Region Stockholm ansvarar för hälso- och sjukvård, kollektivtrafik, regional utveckling och bidrar till kulturlivet. Varje dag, dygnet runt. I landets snabbaste växande region. Tillsammans skapar vi Europas attraktivaste storstadsregion.


https://www.regionstockholm.se/jobb Visa mindre

Folkhälsomyndigheten är en nationell kunskapsmyndighet som arbetar för bättre folkhälsa. Det gör myndigheten genom att utveckla och stödja samhällets arbete med att främja hälsa, förebygga ohälsa och skydda mot hälsohot. Vår vision är en folkhälsa som stärker samhällets utveckling.

Vill du bidra till kampen mot smittsamma sjukdomar och stötta Folkhälsomyndighetens arbete med utbrott, övervakning och diagnostik?
Vi söker en bioinformatiker med gedigen programmeringsvana och erfarenhet av att automatisera analysflöden. Hos oss blir du en del av bioinformatikteamet på Enheten för laboratorieutveckling vid Avdelningen för mikrobiologi, där du arbetar i tvärvetenskapliga projekt med hög samhällsnytta.

Vad ska du jobba med?
I rollen kommer du att arbeta med drift och vidareutveckling av analys- och pipelinesystem, där automatisering och kvalitet står i fokus. Du bidrar till utveckling av bioinformatiska verktyg för att analysera data från bakterier, virus och parasiter, ofta kopplat till utredningar av misstänkta eller bekräftade utbrott. Arbetet omfattar även visualisering och strukturering av data, samt stöd i utvecklingen av datadrivna arbetssätt inom myndigheten. Du kommer att samarbeta tätt med laborativ personal, mikrobiologer, IT-specialister och andra bioinformatiker i projekt, forskning och rutinverksamhet, allt inom ramen för vårt mikrobiologiska övervakningsprogram.

Vi arbetar agilt i tvärvetenskapliga team och i en verksamhet som bedrivs enligt ISO 15189 och ISO 27000. Här får du möjlighet att bidra till ett viktigt samhällsuppdrag med hög vetenskaplig och teknisk höjd.

Utöver dessa uppgifter kan även andra arbetsuppgifter för utredare på myndigheten förekomma.

Vem söker vi?
Krav för anställningen:


• Att du har genomfört en utbildning inom relevant område exempelvis bioinformatik, mikrobiologi, molekylär bioteknik, data science, systemvetenskap eller motsvarande och uppnått examen på mastersnivå.
• Minst tre års relevant arbetslivserfarenhet av naturvetenskapliga branschområden inom bioinformatik, data science, life science eller motsvarande där analys av stora mängder data utgjort väsentlig del.
• Erfarenhet i ett eller flera programmeringsspråk.
• Erfarenhet av att jobba i Linuxmiljö.

Utöver det ser vi dessa kompetenser, förmågor och erfarenheter som viktiga för att du ska trivas hos oss:

Mycket stor vikt läggs vid:


• Personliga egenskaper som en god samarbetsförmåga, är ansvarstagande och strukturerad samt analytisk. Du har ett helhetsperspektiv och ett gott bemötande.
• God pedagogisk förmåga att förklara ditt expertområde – både inom teamet och för andra yrkesgrupper.
• God erfarenhet i programmeringsspråket Python.
• Erfarenhet av versionshantering såsom Git.
• Att du visar förståelse för centrala datastrukturer (till exempel listor, matriser, grafer och träd), hur de är uppbyggda och används för att hantera och analysera biologiska data effektivt.
• God förståelse för containertekniker som Docker, Kubernetes och Apptainer (eller motsvarande).
• Mycket goda kunskaper engelska, i både tal och skrift.

Stor vikt läggs vid:


• Djupgående kunskap om reproducerbara ramverk för analys, såsom Nextflow och Snakemake.
• Erfarenhet av att arbeta med S3 eller liknande objektslagringstjänster, inklusive uppladdning, åtkomst, strukturell organisering av data (t.ex. med bucket-taggar.
• Dokumenterad erfarenhet av att arbeta med Parquet, och andra databaser för utveckling och leverans av data.
• Dokumenterad erfarenhet av att jobba med hantering och struktur av data från datasjöar.
• Goda kunskaper i svenska, i både tal och skrift.

Vad gör enheten?
Enheten för laboratorieutveckling ger metodutveckling och kvalitetsstöd internt och externt. Ansvarar även för drift och utveckling av laboratoriemetodik och plattformar.

Hur är det att jobba på Folkhälsomyndigheten?

Vi erbjuder utvecklande arbetsuppgifter där du kan påverka och göra skillnad. Oavsett vad du jobbar med är du med och bidrar till samhällsnytta. Det gör du tillsammans med engagerade och kompetenta kollegor i stimulerande samarbeten. Folkhälsomyndigheten är en arbetsplats som strävar efter att ge lika möjligheter till alla och att vara fri från diskriminering. Myndigheten har sin verksamhet i Solna och Östersund.

Medarbetarskap och kultur på Folkhälsomyndigheten

Om anställningen
Du kommer att anställas som utredare med placering på vårt kontor i Solna. Befattningen är en tillsvidareanställning på heltid som inleds med sex månaders provanställning. Tillträde sker snarast enligt överenskommelse.

Som anställd vid Folkhälsomyndigheten kan du komma att bli krigsplacerad. Vissa tjänster är placerade i säkerhetsklass där svenskt medborgarskap kan vara ett krav. Säkerhetsprövning kommer då genomföras i enlighet med Säkerhetsskyddslagen (2018:585).

På myndigheten kan det finnas möjlighet att teckna överenskommelse om distansarbete upp till 40 procent av din arbetstid.

Är du intresserad?
Vill du veta mer om anställningen är du välkommen att kontakta enhetschef Maria Lind Karlberg, telefon 010- 205 24 69.

Fackliga företrädare är för SACO Pi Zetterquist, telefon 010-205 22 95, och för OFR/S Jessika Spångberg, telefon 010-205 29 22.

Läs mer om hur det är att jobba hos oss

Ansökan
Välkommen med din ansökan till befattningen som utredare hos oss!

Vi har valt att ta bort det personliga brevet ur rekryteringsprocessen. I stället ansöker du med ditt CV och genom att besvara urvalsfrågor. Målet är att skapa en mer inkluderande rekryteringsprocess. Arbetspsykologiska tester och arbetsprov kan komma att användas som en del i rekryteringsprocessen.

Vänligen ladda upp relevanta examensbevis i samband med din ansökan.

Läs i ansökningsformuläret hur du går tillväga om du har skyddade personuppgifter.

Ansök senast 2025-05-21 via myndighetens webbplats.
Arbetsgivarens diarienummer: 02043-2025-2.1.1 Visa mindre

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Introduktion 

Artificiell intelligens (AI) kommer att förändra läkarnas dagliga arbete, göra diagnoser mer exakta och behandlings val mer framgångsrika.

Vår grupp har sammanställt en stor datamängd med hundratusentals mammografier, tusentals ultraljudsbilder och MRI-undersökningar, kopplade till kliniska utfallsdata och radiologers bildetiketter. Vi har samarbeten med flera medicinska AI-företag och akademiska forskargrupper vars AI-modeller vi utvärderar.

Har du en nyligen erhållen magisterexamen i epidemiologi, medicin, biomedicinsk vetenskap, biostatistik, bioinformatik eller liknande område? Har du skrivit en avhandling eller har annan erfarenhet relaterad till utvärdering av kliniska tester för någon sjukdom?

Vår grupp

Vårt mål, relaterat till denna position, är att underlätta en säker och optimerad introduktion av etablerade AI-modeller inom bröstavbildning och bröstcancervård. https://ki.se/forskning/forskningsomraden-centrum-och-natverk/forskargrupper/datadriven-brostradiologi-fredrik-strands-forskargrupp är en del av https://ki.se/onkpat vid Karolinska Institutet, och forskningsledaren https://ki.se/personer/fredrik-strand är bröstradiolog vid Karolinska Universitetssjukhuset.

Vi har internationellt väletablerad forskning inom utveckling och utvärdering av AI för radiologisk bröstcancer diagnostik. Vår grupp har expertis inom radiologi, biostatistik och maskininlärning. Dessutom har vi ett starkt samarbete med forskargrupper vid KTH, Kungliga Tekniska Högskolan, University of California San Francisco och Berkeley.

Vi söker nu vår biostatistiska forskningsassistent med fokus på att bedöma den kliniska validiteten hos AI-modeller för radiologisk diagnostik och simulera den potentiella kliniska påverkan. Analys av klinisk validitet inkluderar att uppskatta vanliga mått som sensitivitet, specificitet, falska positiva frekvenser och falska negativa frekvenser. Simulering av klinisk påverkan inkluderar att ta hänsyn till alternativa kombinationer mellan AI och radiologer, för att bedöma hur diagnoser kunde ha ställts tidigare eller mer exakt.

Din roll
Din huvudsakliga uppgift kommer att vara en del av det svenska tvärinstitutionella VAIB (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36949901/)-teamet, ansvarig för att genomföra och utveckla biostatistiska utvärderingar och simuleringar av den kliniska användningen av AI-modeller för bröstcancer upptäckt och diagnos. Du kommer att arbeta med svenska sjukhus och internationella AI-företag. Dessutom kommer du att vara involverad i EUCAIM (https://cancerimage.eu/)-projektet där vi strävar efter att bidra med data samt validerings- och simulerings metoder. Du förväntas vara delaktig i att skriva forsknings artiklar och att producera skriftliga testrapporter för de parter som tillhandahåller AI-modellerna.

Vem är du?
Kvalifikationer 

I ditt personliga brev, specificera vad konkret i din bakgrund som stödjer att du uppfyller och utmärker dig i var och en av de kvalifikationer som listas nedan.

Du måste ha:

- en universitetsnivå magisterexamen i epidemiologi, medicin, biostatistik, bioinformatik, biomedicinsk vetenskap eller liknande område
- kunskap om att utvärdera medicinska diagnostiska tester och hur man beräknar vanliga mått
- kodnings färdigheter i R
- kodnings färdigheter i Python (eller vilja att lära sig)
- utmärkta kommunikationsfärdigheter på engelska

Det är meriterande om:

- du har erfarenhet av att utvärdera sjukdoms screening tester
- du har erfarenhet av att arbeta med statistisk analys baserad på radiologi- eller patologi rapporter och bilder
- förståelse för det kliniska arbetsflödet för cancerpatienter och den föregående screeningen av cancer
- du har erfarenhet av att arbeta med icke-sql-databaser, särskilt MongoDB
- du har erfarenhet av att automatisera statistisk rapportering

Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna

https://ki.se/om-ki/tio-skal-att-valja-karolinska-institutet



Ansökan
Varmt välkommen med din ansökan senast den 11 januari.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Varaktigheten är cirka 12 månader, med möjlighet till förlängning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss Visa mindre

Arbetsuppgifter
Gruppen genomför multidisciplinärt forskning som kombinerar biologi, fysik och kemi för att främja vår förståelse av struktur och dynamik på nanoskala i biologiska processer.

Vi strävar efter att använda denna information för att påskynda utvecklingen av nästa generation av precisionsnanomediciner.

Gruppen har tre nyckelfokusområden (A) nanoteknik (B) förbättrad sjukdomsförståelse och (C) validering av nanomedicine funktion. Genom att kombinera stora data insamlingar med analys av enstaka partiklar använder vi denna information för att förbättra vår förståelse av hur sjukdom påverkar funktion av olika nanoläkemedel för att försöka konstruera förbättrad leveransteknik på nanoskala.

Vårt långsiktiga mål är att använda dessa multidisciplinära metoder för att möjliggöra en rationell design av nanoläkemedel för specifika sjukdomar och patienter.

De utannonserade positionerna är fokuserade på att etablera arbetsflöden för nanopartikelformulering, nanopartikelkarakterisering, nanopartikelprestanda (via in vitro-analyser) och cellulära bearbetningsprotokoll. Dessa verktyg kommer att användas för proof-of-concept forskningsprojekt relaterade till nanomediciner.

Detta inkluderar (men är inte begränsat till):
Fastställande av standardprocedurer för:
- Nanopartikelformulering och karakterisering
- In vitro cellodlingsanalyser
- Separationstekniker
Datainsamling för proof-of-concept-projekt relaterade till:
- Nanopartikelformuleringsmetoder
- Struktur – funktionsrelationer
- Lipidomik / Proteomik

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö

https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050

Kvalifikationer
Krav

- Avlagd examen på grundnivå eller avancerad nivå (högskoleutbildning) inom ämnet för anställningen eller motsvarande kompetens.
- Erfarenhet av cellodling
- Bidra till utveckling av läkemedelsprodukter/biomarkör/kandidatidentifiering
- Förmåga att samarbeta. Vi är ett multidisciplinärt arbetslag och vi samarbetar med infrastrukturanläggningar och inom industri och akademi så det är viktigt att du är bekväm med samarbete och tycker om att samarbeta.
- Förmåga att tänka kritiskt och tillämpa detta för forskning. Ett centralt forskningsfokus för oss är att förstå hur olika biologiska processer fungerar och att hitta kopplingar mellan olika data insamlingar. Detta kräver att du tänker kritiskt kring de resultat du har fått och fortsätter att ställa frågor om vad vi fortfarande behöver ta itu med.
- Förmåga att arbeta självständigt. Forskningen utvecklas ständigt och därför kommer du att behöva ta initiativ till vissa aspekter av rollen.

Meriterande

- Masterutbildning in relaterat ämne (genomförd alternativt pågående)
- Erfarenhet av flera laboratoriemiljöer t.ex. olika discipliner, industriella/akademiska
- Erfarenhet av att arbeta med lipidsystem
- Erfarenhet av att bearbeta "stora" datainsamlingar
- Medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskild fokus på jämställdhet.

Vi kommer lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter
https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898. 

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska innehålla CV och personligt brev där du förklarar sin motivation för tjänsten och beskriver hur dina kompetenser matchas med jobbkraven och önskade kvalifikationer.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (CentralEuropean Time/Central European Summer Time).

Om anställningen 
Anställningen gäller tidsbegränsat enligt avtal - i upp till 12 mån, med tillträde enligt överenskommelse.

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För ihttps://www.kth.se/om/work-at-kth/processing-of-personal-data-in-the-recruitment-process-1.823440 i samband med rekrytering.

Om anställningen är placerad i säkerhetsklass, krävs en godkänd säkerhetsprövning i enlighet med säkerhetsskyddslagen (2018:585) för att bli behörig. Information om tjänsten är placerad i säkerhetsklass ges i samband med rekryteringsprocessen.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.



 

Om KTH

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi. https://www.kth.se/om/om-kth-1.885102 Visa mindre

Job description
We are now looking for a new team member to ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control) in Stockholm. You will work as a Junior Scientific Expert and support the the Microbiology and Molecular Surveillance team. This is a temporary assignment starting in the beginning of July and three months forward.
Randstad Life Sciences is specialized in competences within Life Science. As a consultant with us, you get a competitive salary, benefits and collective agreements. Your consultant manager is always there for you and ensures that you get varying and developing assignments at different companies, within different industries. At Randstad Life Sciences, your personal development is in focus, and you are offered a large network and many social activities.
To apply, please submit your resume in English in the Europass CV format together with a motivational letter of maximum one page (in the same document) explaining which job specific expertise and personal characteristics that you would bring to the job. Please apply as soon as possible, application closes on the 5th of June.


Tasks include:


You will report to the Group Leader Microbiology and Molecular Surveillance with task such as:
 
Managing and improving ECDC databases for Whole Genome Sequencing (WGS) and molecular typing data;
Using bioinformatics tools for the analysis and visualisation of WGS data for all pathogens listed as priority for ECDC in terms of genomic typing;
Maintaining and extending scripts related to the collection and validation of molecular surveillance data, and related visualisation / data exploration tools;
Generating and disseminating pre-defined outputs from WGS and other molecular typing data;
Contributing to the analysis and interpretation of molecular typing data in the context of detecting, assessing, monitoring and communicating public health threats for the EU;
Presenting information from WGS data analysis to ECDC internal experts and EU/EEA Member State stakeholders;


Responsibilities
Tasks
The interim will report to the Group Leader Microbiology and Molecular Surveillance.
 
Managing and improving ECDC databases for Whole Genome Sequencing (WGS) and molecular typing data;
Using bioinformatics tools for the analysis and visualisation of WGS data for all pathogens listed as priority for ECDC in terms of genomic typing;
Maintaining and extending scripts related to the collection and validation of molecular surveillance data, and related visualisation / data exploration tools;
Generating and disseminating pre-defined outputs from WGS and other molecular typing data;
Contributing to the analysis and interpretation of molecular typing data in the context of detecting, assessing, monitoring and communicating public health threats for the EU;
Presenting information from WGS data analysis to ECDC internal experts and EU/EEA Member State stakeholders;


Qualifications
Competences and experience
n addition to the profile specification, these specific competences and experience are required for the current assignment:
 
At least 2 years of professional experience acquired in positions relevant to the job description;
Experience in use of WGS analyses for disease prevention and control.
Knowledge and experience of relevant technologies for bioinformatic purposes (e.g. Python, , R, Bionumerics);
Very good English language skills
Excellent communication skills (spoken and written)
Very good MS office skills


About the company

Randstad
At Randstad, we see the possible in people. With business all over Sweden and in all areas of expertise, we help people find work that feels good, where they get the opportunity to develop and realize their true potential. With close to 600 000 employees in 38 countries, Randstad is the global leader in the HR services industry. Our mission is to become the world’s most valued working life partner. By combining our passion for people with the power of today’s technology, we support people and organizations in realizing their true potential. We call it Human Forward. Visa mindre

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Vi letar efter en bioinformatiker som kommer att arbeta med cancergenomikdata för kliniska studier vid https://ki.

se/onkpat vid Karolinska Institutet. Kandidaten kommer arbeta att ingå i https://ki.se/en/people/felix-haglundoch samarbeta med andra bioinformatiker vid Klinisk Patologi (KS) samt Medicins Epidemiologi och Biostatistik (KI).

Din roll
Kandidaten kommer huvudsakligen att utföra tolkning av genetiska data från cancerpatienter samt hålla ordning på prover för större prospektiva studier. Kandidaten kommer också att utföra utvärdering av sekvenseringsdata för att förbättra de analyser som används i studierna.

Vem är du?
Kvalificerad att är en person som har fått en magisterexamen i bioinformatik.

Andra krav inkluderar:

- Långvarig erfarenhet av tolkning av genetiska cancer data (somatisk samt germline) som computational biologist
- Erfarenhet av att analysera paneldata (riktad analys) av cancer.
- Erfarenhet av att arbeta i en Linux / Unix-miljö.
- Erfarenhet av kösystemet slurm, att starta/övervaka jobb.
- Gedigen erfarenhet av versionshantering och användning av github.
Meriterande:

- Erfarenhet av programmeringsspråket R och visualisering av data med ggplot2.
- Erfarenhet av att ha arbetat med genomiska data prospektivt med korta deadlines.
För att lyckas i miljön måste kandidaten ha förmågan att arbeta självständigt, att samarbeta, vara ambitioner och ta initiativ.

Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna

https://ki.se/om-ki/tio-skal-att-valja-karolinska-institutet

 



Ansökan
Varmt välkommen med din ansökan senast den 7 mars.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Anställningen är 1 år. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss Visa mindre

Do you want to contribute to top quality medical research?

Karolinska Institutet, Department of Oncology-Pathology, Lehtiö research group

The bioinformatics work will be conducted in the Cancer proteomics Mass spectrometry research group headed by Professor Janne Lehtiö at Science for Life Laboratory (SciLifeLab).

Karolinska Institutet is one of the four founding universities for SciLifeLab which is today a national infrastructure and research center in technology driven life sciences. Lehtiö group is a translational group of scientists with a drive to improve human proteome analysis by developing and using new proteomics methods that can be applied to improve personalized cancer treatment. We now need to strengthen our leukemia sub-group with a bioinformatician within the field of multi-omics data analysis and cancer research. We offer a very stimulating and diverse working atmosphere in a team of very motivated cancer researchers.

Your mission

We are looking for an outstanding candidate with focus on bioinformatics and experience in omics data analysis. The position requires solid expertise in genomics, transcriptomics and/or proteomics data analysis and communication skills and willingness to work in a team environment. The current position offers great possibility for innovative research combining proteomics and genomics data, together with a dedicated group of scientists.

The bioinformatician will work on integrative and translational analysis of multiple levels of omics data derived from various lymphoid malignancies such as AML and ALL cell lines as well as clinical specimens with the aim of identifying novel therapeutic and resistance biomarkers. The focus will be on developing and applying ‘omics’ methods on biologically/clinically oriented research questions and to analyze the acquired data as well as to validate the findings using public domain data. This includes both applying established data analysis steps as well as investigating new strategies and solutions for the analysis of quantitative biological data.

Important components of the work are experimental design, development of proteomics/ genomics/transcriptomics pipelines and statistical analyses of quantitative data and development of software and tools for data visualizations. It is expected that the applicant is well acquainted with software and programming languages related to omics data analysis. The candidate is expected to take a strong lead in managing and driving the project(s) as well as writing manuscripts.

Tasks for the position:

Drive and run integrative multi-omics data analyses tasks within the group.
Manage of multi-omics in-house and external data related to research projects (big data storage, security and access).
Help to meet the controlled data management guidelines.
Help in maintenance and handling of bioinformatics resources (server, HPC, cloud storage, and software).
Help interns, graduate students and technical personnel in running bioinformatics tools and pipelines.
Participate in tutorials and workshops organized within the research group.
Apply for external funding - both national and international.
Actively participate in meetings and discussions related to laboratory development and improvement.
Your profile

Qualifications

PhD in bioinformatics or computational biology.
Documented experience in bioinformatics, including experience in NGS, MS based proteomics, drug sensitivity/resistance screens or analysis of data from other high-throughput / high-dimensionality generating methods.
Strong publications record in reputed and high-impact factor journals.
Working experience in systems biology/systems medicine, large-scale data analysis, integration and visualization (e.g. GATK, nf-core,... etc).
Documented programming experience in: R/Python and Bash scripting.
Experience in workflow/pipelines management systems as well as packages management: Nextflow, Docker, Singularity and Conda.
Experience in utilize job scheduling systems such as Slurm or PBS to efficiently manage computational resources and execute bioinformatics workflows on high-performance computing clusters.
Experience in building data visualization and data navigation portals: Shiny or Dash.
Knowledge in statistical methods.
Ability to interpret omics data in a biological context.
Excellent communications skills
Fluent in English language.

Additional merits

Knowledge and working experience in MS based proteomics and proteogenomics is an advantage.
Knowledge and working experience of AML and ALL biology is ideal.
Knowledge of cancer biology and current translational cancer research
Knowledge/experience of drug discovery and development methods
Experience on building and handling interactive user-friendly web-based visualization tools
Experience in using and working in GitHub is an advantage

Since the position involves close interaction with several researchers, emphasis is placed on personal skills such as:

Very good collaborative skills
Excellent communication skills and analytical skills
Curious and eager to solve biological questions
Able to assist on-demand small tasks in research settings.
What do we offer?

A creative and inspiring environment with wide-ranging expertise and interests. Karolinska Institutet is one of the world's leading medical universities. Our vision is to pursue the development of knowledge about life and to promote a better health for all. At Karolinska Institutet, we conduct successful medical research and hold the largest range of medical education in Sweden. Karolinska Institutet is also a state university, which entitles you to several good benefits through our collective agreement. And you get to practice freely in our modern wellness facilities, where trained staff are on site.

Location: Science for Life Laboratory in Solna

Choose to work at KI – Ten reasons why

Lehtiö Lab (lehtiolab.github.io)

Application

Welcome to apply at the latest 5th March.

The application is to be submitted through the Varbi recruitment system.In this recruitment, you will apply with your CV without a personal letter. Instead, you will answer some questions about why you are applying for the job in the application form. 

Permanent position is initiated by a six months trial period.

Want to make a difference? Join us and contribute to better health for all Visa mindre

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Den framgångsrika kandidaten kommer att arbeta med barndom neuroblastom i https://ki.

se/en/mtc/schlisio-lab-research-focus som leds av https://medarbetare.ki.se/people/susanne-schlisio. Gruppen tillhör Institutionen för onkologi-patologi och är fysiskt belägen på Bioclinicum vid Karolinska Institutet.

Vi utforskar den cellulära uppkomsten av cancer i det pediatriska nervsystemet, dess utvecklingsmässiga rötter och hur det är kopplat till embryogenes. Genom att förstå hur det sympatiska nervsystemet formas under utvecklingen kommer vi att få viktiga ledtrådar om hur neuroblastom uppstår och vad som är de drivande krafterna bakom dess anmärkningsvärda heterogenitet och fenotypiska plasticitet.

Din roll
Vi söker en motiverad och kreativ forskningsassistent kandidat som är intresserad av tumörer som uppstår från sympato-adrenalinlinjen, såsom neuroblastom och feokromocytom, med syftet att förstå de molekylära principerna för dessa tumörer på en tidigare oöverträffad nivå.
Den framgångsrika kandidaten kommer att arbeta med datoranalyser av ett storskaligt en-cells-transkriptomprojekt om neuroblastom. I detta projekt kommer vi att generera "molekylära encyklopedier" av denna tumör för att förstå de molekylära principerna som rör ursprung, progression och subtyper av denna tumör på en tidigare oöverträffad nivå, med hjälp av state-of-the-art RNA-seq och bioinformatikteknologier. Därför bör den framgångsrika kandidaten ha expertis inom bioinformatik, datavetenskap, biostatistik, en-cells-transkriptomik eller en relaterad disciplin där tillräcklig bioinformatisk expertis visas inom livsvetenskaperna.

Vem är du?
Kraven på den framgångsrika kandidaten är följande:

- Kunskap inom bioinformatik, datavetenskap, biostatistik, en-cells-transkriptomik eller en relaterad disciplin inklusive tillräcklig bioinformatisk expertis inom livsvetenskaperna.
- Gedigen kunskap i Unix/Linux, R eller Python. 
- Erfarenhet av analys av nästa generations sekvenseringsdata.
- Erfarenhet av hantering av stora datamängder.
- Kunskap om relevanta biologiska områden (kromatin och genuttryck, genetik och epigenetik). 
- Utmärkt kunskap i biostatistik.
- Erfarenhet av genombrott inom datautvinning och visualisering.
- Förmåga att leverera högkvalitativa vetenskapliga resultat med en stark publikationslista.
- Goda mellanmänskliga färdigheter och förmågan att arbeta både självständigt och som en del av en stor grupp.
- Goda kunskaper i talad och skriven engelska samt goda kommunikationsfärdigheter.

Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna

https://ki.se/om-ki/tio-skal-att-valja-karolinska-institutet



Ansökan
Varmt välkommen med din ansökan senast den 24 maj.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Denna anställning är på 1 år. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss Visa mindre

Vill du arbeta med precisionsmedicin i den molekylära diagnostikens frontlinje?
Vi söker en forskningsingenjör för att stärka vårt laborativa team.

Tjänsten är ett vikariat på 12 månader och är en unik och spännande möjlighet för dig som vill jobba med precisionsmedicin och genomik inom avancerad forskning och det finns utrymme att utforma tjänsten utifrån dina kompetenser och intresseområden.

Vi erbjuder en fartfylld miljo? där du arbetar i na?ra samarbete med både högskola och ha?lso-och sjukvård. Vårt uppdrag vid Clinical Genomics är att bidra till stor samha?lls- och patientnytta och i din roll kommer du vara en bidragande faktor till detta arbete.

Om oss
Enheten Clinical Genomics är en nationell forskningsinfrastruktur vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab). Vårt uppdrag är att bidra till implementeringen av precisionsdiagnostik och precisionsmedicin i Sverige. Tillsammans med forskare och vårdgivare i Sverige utför vi avancerade genomikanalyser (storskalig DNA sekvensering) och jobbar för att utveckla och implementera de avancerade testerna inom sjukvården. Syftet är att säkerställa möjlighet till världsledande forskning och att diagnostiken i Sverige ligger i internationell framkant. Vi har även ett brett nordiskt och europeiskt nätverk av samarbetspartners och deltar i flera gemensamma projekt.

Länk: http://www.scilifelab.se/facilities/clinical-genomics-stockholm/

Din roll
Vi söker dig som forskningsingenjör, för arbeta med att analysera prover, samt att förbättra och utveckla vår verksamhets laborativa processer. Det finns möjlighet att utforma tjänsten utifrån dina kompetenser och intresseområden.

I rollen ingår att;

- Utföra biblioteksberedningar inför storskalig DNA sekvensering och kvalitetskontroll
- Vidareutveckla infrastrukturen och de laborativa processerna
- Arbeta med instrument, dokumentation i kvalitetssystemet, kontakt med samarbetspartners

Vårt team består av ca 45 medarbetare med bred kompetens inom molekylärbiologi, genomik, bioinformatik, mjukvaruutveckling, IT och kvalitetssäkring. Vi har en teknisk infrastruktur för avancerade genomikanalyser, vilket vi löpande vidareutvecklar för att möta framtida behov. Hos oss erbjuds du en spännande arbetsmiljö, med utmanande arbetsuppgifter och hög teamkänsla. Vi arbetar tillsammans för att uppnå teamets gemensamma mål; att genom avancerade genomikanalyser öka förståelsen av sjukdomsmekanismer och genom vården bidra till att förbättra människors liv.

Vi jobbar i nära samarbete med genetiker, molekylärbiologer, läkare och andra vårdaktörer, både på SciLifeLab och hos olika vårdgivare i Sverige.

Vem är du?
Vi söker dig med en examen inom life science, tex biomedicinsk analytiker eller examen inom bioteknologi, biomedicin, molekylärbiologi, biokemi eller motsvarande kompetens.

Krav för tjänsten är:

- Erfarenhet av laborativt arbete med molekylärbiologiska metoder
- Obehindrat behärska engelska i skrift och tal
- Personliga egenskaper som främjar samarbete både internt och externt, du har lätt för att bygga goda relationer med olika personalgrupper

Det är viktigt att du trivs med att arbeta i team och att du som person bidrar till interna och externa samarbeten. 

Meriterande

Vi ser med fördel att du innehar flera av nedan erfarenheter, men det är inget krav:

- Erfarenhet av arbete med storskalig DNA sekvensering
- Erfarenhet av instrumentunderhåll, inköp och andra stödjande laboratorieprocesser
- Erfarenhet av kvalitetssystem eller arbete inom ackrediterad verksamhet (ISO17025, ISO15189 eller motsvarande) är meriterande

Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna

Ansökan
Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss Visa mindre

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Institutionen för mikrobiologi, tumör-och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet i Stockholm bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer.

Våra ledord är tvärvetenskaplighet, kliniskt förankrad grundforskning samt nationellt och internationellt samarbete.

Dr Claudia Kutters forskargrupp söker en forskningsassistent (antingen experimentell eller beräkningsteknisk) inom området funktionell genomik och RNA-biologi. Claudia Kutters grupp har erfarenhet av att dechiffrera molekylära mekanismer genom vilka RNA (long noncoding RNA, transfer och små RNA) reglerar gener och genomstruktur i somatisk vävnad från däggdjur och i könsceller (Geng et al. Genome Research 2022, Søndergaard et al. Gut, 2022, Gao et al. Genome Research 2022). Som forskningsassistent kommer du att ingå i ett multidisciplinärt och kollaborativt forskarteam verksamt inom områdena RNA- och kromatin biologi, funktionell och/eller jämförande genomik.

Din roll

Som medlem i Caludia Kutters forskargrupp kommer du att tillämpa och optimera nya transkriptomiska tillvägagångssätt (baserade på bulk- och encells-RNA-profilering) för att studera genreglering och RNA-bearbetning med användning av däggdjurssystem (primära vävnader och cellinjer). I rollen ingår att utföra valideringsexperiment som involverar biokemiska och molekylärbiologiska verktyg, och delta i teamets allmänna uppgifter. Som forskningsassistent kommer du att få ta lead inom projektdesign och förvaltning samt datagenerering, analyser och tolkning, och samarbeta med andra teammedlemmar. Du som söker förväntas rapportera de vetenskapliga resultaten genom att skriva vetenskapliga artiklar, delta i vetenskapliga möten och ha en god kommunikation med andra i teamet. Förmågan att arbeta i en mycket tvärvetenskaplig och internationell miljö, och att engagera sig i kontinuerlig professionell utveckling är ett måste.

Laboratoriet ligger vid SciLifeLab på Karolinska Institutets campus i Stockholm. SciLifeLab erbjuder en attraktiv forskningsmiljö, tillhandahåller toppmodern instrumentering och kärnfaciliteter, och är hem för det näst största sekvenseringsklustret i Europa. SciLifeLab är ett samarbete mellan Karolinska Institutet, Kungliga Tekniska Högskolan och Stockholms universitet. Det är värd för forskargrupper med olika bakgrunder och expertis, vilket skapar ett unikt gränssnitt mellan grundläggande biologi, genomik, bioteknik, läkemedelsupptäckt och translationell medicin.

Vem är du?

Du som söker bör ha avlagt examen i tillämpad biovetenskap och/eller bioinformatik och ha utbildning i experimentella eller beräkningsmetoder.

Vi söker en entusiastisk och mycket motiverad kandidat som har en gedigen bakgrund inom genomik, transkriptomik, molekylärbiologi, genetik och/eller biokemi.

Beprövad erfarenhet av att arbeta med eukaryot genreglering, transkriptomövergripande studier och inom RNA-biologi är väsentligt. Förkunskaper inom bioinformatik och R-programmering för statistisk beräkning och grafik är meriterande. Den som söker bör ha lätt för att samarbeta, du bör vara vetenskapligt äventyrlig, nyfiken och föra in oberoende och originella idéer i projektet. All tidigare erfarenhet inom oberoende forskning samt produktiva interaktioner inom en tvärvetenskaplig teammiljö (t.ex. första- och/eller medförfattarpublikationer i högprofilerade tidskrifter) är en fördel. Då du som söker kommer att arbeta i en tvärvetenskaplig miljö är förmågan att samarbeta med andra forskare av stor vikt.

Du bör ha god förmåga att kommunicera på Engelska i tal- och skrift.

Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Placering: Solna, Science for Life Laboratory

Ansökan
Varmt välkommen med din ansökan senast den 2022-11-14

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss Visa mindre

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Arbetsuppgifter
Tjänsten omfattar följande huvudsakliga arbetsuppgifter:

- in vitro-selektion med fagdisplay av antikroppskandidater och identifiering av unika bindare
- karakterisering av bindning och biofysikaliska egenskaper med ett flertal tekniker
- protein engineering för funktionalisering av antikroppar
- utveckling av nya modaliteter baserat på protein-protein interaktioner
- dokumentation och rapportering av resultat

Tjänsten innebär stora möjligheter till lärande och vidareutveckling då målsättningen är varje gruppmedlem skall kunna behärska ett flertal tekniker för att skapa flexibilitet och erbjuda ett varierat arbete.

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö

https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050

Kvalifikationer
Krav

- Avlagd Master- eller Civilingenjörsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvarande, inom bioteknologi, cell- eller molekylärbiologi, biokemi, biofysik, eller immunologi.
- Gedigen erfarenhet av molekylärbiologiskt arbete
- Gedigen erfarenhet av proteinrening, analys och karakterisering
- Utmärkt förmåga att kommunicera muntligt och skriftligt på engelska

Meriterande

- Erfarenhet av fagdisplay för selektion av rekombinanta antikroppar
- Erfarenhet av alternativa displaytekniker utöver fagdisplay.
- Erfarenhet av protein engineering
- Erfarenhet av proteinexpression i olika expressionssystem Erfarenhet från arbete inom bioteknik/läkemedelsindustrin. 
- Medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskild fokus på jämställdhet.

Vi kommer lägga stor vikt vid personliga egenskaper, och utöver de ovan nämnda kvalifikationerna förväntas också en framgångsrik kandidat motsvara följande krav:

- God samarbetsförmåga samt ett resultatorienterat fokus.
- God problemlösande analysförmåga med ett självständigt, strukturerat och noggrant arbetssätt.
- God förmåga att tillägna sig nya metoder och arbetssätt
- Hög grad av integritet, motivation och flexibilitet i arbetet.

Fackliga representanter
Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898. 

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska innehålla:

- Personligt brev och CV inklusive relevant yrkeserfarenhet och kunskap.
- Kopia av examensbevis och betyg från dina tidigare universitetsstudier. Översättningar till engelska eller svenska om de ursprungliga dokumenten inte utfärdas på något av dessa språk. 
Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (CentralEuropean Time/Central European Summer Time).

Om anställningen 
Anställningen gäller tillsvidare enligt avtal.
Anställningen inleds med sex månaders provanställning.

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering https://www.kth.se/om/work-at-kth/processing-of-personal-data-in-the-recruitment-process-1.823440.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser. Visa mindre

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Arbetsuppgifter
På Regulatory Genomics Lab undersöker vi vilken roll icke-kodande mutationer spelar i mänskliga sjukdomar för att möjliggöra deras användning för tidig diagnos och behandling.

Vårt senaste åtagande syftar till att upptäcka genetiska varianter som modulerar nivån av cytotoxicitet som cancerpatienter upplever under kemoterapi. För detta ändamål kommer vi att producera högupplösta transkriptom- och promotorförstärkarkartor av kliniska prover och korrelera med deras medicinska data. Vi kommer också att utföra epigenetiska CRISPR-analyser för att validera regulatorisk aktivitet av en uppsättning mutationer. Kandidaten kommer att utföra HiCap och RNA-seq på kliniska prover och tillämpa epigenetiska CRISPR-analyser.

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö

https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050

Kvalifikationer
Krav
- Avlagd examen på grundnivå eller avancerad nivå (högskoleutbildning) inom molekylärbiologi, bioteknik eller närliggande område

Meriterande

- Tidigare erfarenhet av 3C (kromosomkonformationsinfångning) och relaterade metoder
- Uppmärksam på detaljer och kunna arbeta med värdefulla kliniska prover
- Förkunskap inom blodcancer och/eller läkemedelscytotoxicitet
- God samarbetsförmåga
- Förmåga att ta initiativ och kunna arbeta självständigt
- Medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskild fokus på jämställdhet.

Vi kommer lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter
Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898. 

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska innehålla: 
CV inklusive relevant yrkeserfarenhet och kunskap. Kortfattad redogörelse för varför du vill bedriva forskning, dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål. max 1 sidor lång. 

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (CentralEuropean Time/Central European Summer Time).

Om anställningen 
Anställningen gäller tidsbegränsat enligt avtal - i upp till 12 månader, med tillträde enligt överenskommelse.

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering https://www.kth.se/om/work-at-kth/processing-of-personal-data-in-the-recruitment-process-1.823440.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser. Visa mindre

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?
Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer.

På MTC bedrivs internationellt framstående forskning. CTMR (Centrum för translationell mikrobiomforskning) grundades 2016 som ett samarbete mellan Karolinska Institutet, Science for Life Laboratory (SciLifeLab) och Ferring Pharmaceuticals.

Ämnesbeskrivning
CTMR har utvecklats till en bred teknisk, biologisk, klinisk och epidemiologisk plattform för att studera komplexa mikrobiologiska samhällen och deras interaktion med människan både inom hälsan och sjukdom. Samarbetet mellan våra experter utgör en solid grund för att förstå mikrobiomets bidrag till normal fysiologi och patofysiologi och öppnar möjligheter för utveckling av nya terapier inom gastroenterologi, reproduktiv hälsa och neonatologi. Vi söker nu en Bioinformatiker inom mikrobiomforskning med god erfarenhet av de biostatistiska utmaningar som är kopplade till mikrobiomdata, som är fokuserad, driven och passionerad för att bidra till vårt mål att förbättra hälsan genom forskning på hög nivå.

Din roll
Som Bioinformatiker kommer du fokusera på analysarbete kring rollen hos mikrobiomet i ett flertal olika projekt med inriktning på studier av mikrobiomet och dess inverkan på/samverkan med människan. En central komponent i rollen är att ta stort ansvar för tilldelade studier för att kunna etablera analysplaner som kombinerar mikrobiomdata med ytterligare metadata från andra källor såsom annan omics-data, frågeformulär eller enkäter samt driva analysen i samråd med kollegor inom CTMR samt externa forskningspartners, med målet att generera vetenskapliga publikationer. Den framgångsrika kandidaten kommer arbeta i nära samarbete med flera olika team inom CTMR såsom klinisk epidemiologi, bioinformatik, och våtlabbshantering av prover, samt externa medarbetare utanför CTMR. Arbetsspråket är engelska.

Behörighetskrav
Behörig att anställas som Bioinformatiker är den som har uppvisat vetenskaplig skicklighet och har avlagt doktorsexamen eller har utländsk examen som bedöms motsvara svensk doktorsexamen.

Utöver de ovanstående grundläggande behörighetskraven skall sökande ha:

- Demonstrerad förmåga att kommunicera både verbalt och i text
- Demonstrerad förmåga att författa vetenskapliga artiklar
- Demonstrerad förmåga att analysera mänskliga mikrobiomdataset
- Erfarenhet av att arbeta i interdisciplinära team
- Erfarenhet med minst ett vanligt förekommande programmeringsspråk för mikrobiomanalys (Python eller R)

Ytterligare skickligheter som är särskilt meriterande för positionen:

- Erfarenhet av forskning kring det vaginala och/eller gastrointestinala mikrobiomet
- Förståelse för de unika egenskaperna som mikrobiomdata innehar och vilka statistiska utmaningar det innebär
- Erfarenhet av att arbeta med metadata för mikrobiomstudier enligt tillgängliga standarder, ontologier, och formatering av dito (t.ex. MIxS)
- Erfarenhet av att analysera både markörgen och metagenomisk data från DNA eller RNA med vetenskapligt etablerade tillvägagångssätt
- Erfarenhet av att assemblera och annotera sekvenseringsdata från bakterieisolat med short read och/eller long read data
- Erfarenhet av metagenomassemblering och binning
- Insikt i epidemiologiska tillvägagångssätt och studiedesign med speciellt fokus på applikation mot och utmaningar vid arbete med mikrobiomdata
- Erfarenhet av arbete på HPC-system med bash och Slurm
- Erfarenhet av att arbeta med programmeringskod med versionshantering (git/github)
- Erfarenhet av arbete med containers för bioinformatiskt arbete (Docker, Singularity)
- Erfarenhet av tekniker och ramverk för reproducerbara bioinformatiska analyser, t.ex. Snakemake eller Nextflow

Det är utifrån en sammantagen helhetsbedömning av de sökandes meriter och skicklighet som Karolinska Institutet bedömer vilken av de sökande som har de bästa förutsättningarna att bidra till en positiv utveckling av verksamheten.

Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.  

Placering: Solna

Ansökan
Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss Visa mindre

Vill du bli en del i vårt högspecialiserade team som har en viktig del i att patienten får rätt diagnos och prognos för vidare behandling? Verksamheten vid Molekylär Cancerdiagnostik präglas av avancerade metoder på vävnadsprover där den högspecialiserade vården på Karolinska i Solna och antalet olikartade fall och dess grad av komplexitet är mycket stor.

Vi är Nordens största patologilaboratorium. Varmt välkommen att ansöka!

Om tjänsten
I rollen som bioinformatiker kommer du arbeta i vårt laboratorium med analys av genetiska förändringar i cancer. En stor del av arbetet handlar om manuell bedömning av genetiska förändringar identifierade i NGS-data. Du förväntas att bidra i utvecklingsarbetet av IT-lösningar och bearbetning av genomiska data (NGS). Även samarbeten mot akademin (Karolinska Institutet) är viktigt.

Placeringen för tjänsten är Solna. Arbetstiderna är vardagar mellan 8-16.30. Tjänsten är en tillsvidareanställning med inledande provanställning.

Vi söker
Du har erfarenhet av att arbeta i avancerade IT-miljöer i akademi/sjukvård eller privat verksamhet. Om du har intresse av att kombinera ditt kliniska arbete med forskning finns förutsättningar för att arbeta deltid.

Vi söker dig som kan arbeta självständigt och kan agera efter din övertygelse. Du har en god samarbetsförmåga och kan arbeta bra med andra människor. Det innebär att du kan lyssna, kommunicera och lösa konflikter på ett konstruktivt sätt. Vidare underhåller du kontinuerligt din specialistkunskap samt är en kunskapsresurs för dina kollegor.

I rollen är det av stor vikt att du kan arbeta med komplexa frågor. Du kan analysera och bryta ner problem i sina beståndsdelar samt lösa komplicerade problem.

Stor vikt kommer att läggas vid dina personliga egenskaper.

Kvalifikationer
Krav:
- Universitetsexamen inom för tjänsten relevant område
- Erfarenhet av att köra och hantera bioinformatiska pipelines, exempelvis GATK.
- Erfarenhet av att hantera och analysera genomisk data (DNA-seq, RNA-seq eller arraydata)
- God kunskaper om genomik, särskilt cancergenomik.

Meriterande:
- Erfarenhet av att analysera cancergenomik
- Programeringsvana inom Python, Shell eller R.
- Erfarenhet av våtlaboratorium, exempelvis sekvensering, PCR eller RT-PCR.

Om rekryteringsprocessen
Urval sker löpande.

Välkommen med din ansökan!

För att din ansökan ska vara komplett ska den innehålla
1. CV
2. Personligt brev (frivilligt)



Läs mer om rekryteringsprocessen på Karolinska på https://www.karolinska.se/jobba-hos-oss/rekrytering-pa-karolinska/



Om Karolinska Universitetssjukhuset

Vi på Karolinska Universitetssjukhuset är stolta över att vi är ett av världens främsta universitetssjukhus. Förutom vårt särskilda ansvar för den högspecialiserade vården i Stockholmsregionen är huvuduppdraget att tillsammans med Karolinska Institutet utbilda framtidens vårdanställda och bedriva världsledande forskning samtidigt som vi fortsätter vårt arbete med att utveckla vården för patientens bästa. Vi arbetar inom en rad olika områden och professioner.



Vår vision - Vi ska bota och lindra imorgon det ingen kan bota och lindra idag.



Läs gärna mer om oss på www.karolinska.se och följ oss på sociala medier!

Funktion Medicinsk Diagnostik Karolinska

Funktion Medicinsk Diagnostik Karolinska är en sammanslagning av Karolinska Universitetslaboratoriet och Bild och Funktion. Verksamheten spänner över hela det diagnostiska området inom laboratorieverksamhet, radiologi, nuklearmedicin, medicinsk strålningsfysik, radiofarmaci och strålsäkerhet inom Karolinska Universitetssjukhuset.



MDK är centrum för kompetensmässigt och tekniskt ledande diagnostik, intervention och behandling som tillgodoser patienternas behov idag och i framtiden.

Att söka jobb i Region Stockholm

Vi eftersträvar jämställdhet och jämlikhet på vår arbetsplats och ser gärna sökande med olika bakgrund och förutsättningar.


Vi tar endast emot ansökningar via detta system. Ansök genom att klicka på knappen ”Ansök”. Ansökningar per brev eller e-post beaktas inte. Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt säljare av ytterligare jobbannonser.


Vårt rekryteringssystem kan inte hantera anonyma ansökningar eller sökande med skyddad identitet. Om du har skyddad identitet ber vi dig att kontakta den kontaktpersonen som finns angiven i annonsen. Din ansökan kommer då att hanteras utanför rekryteringssystemet. Du bör även vara försiktig med vilken information du lämnar i din ansökan och endast ta med information som är relevant för den aktuella befattningen.


Region Stockholm ansvarar för hälso- och sjukvård, kollektivtrafik, regional utveckling och bidrar till kulturlivet. Varje dag, dygnet runt. I landets snabbaste växande region. Tillsammans skapar vi Europas attraktivaste storstadsregion.


https://www.regionstockholm.se/jobb-1/jobba/ Visa mindre

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Arbetsuppgifter
Forskargruppen inom Integrativ omik och precisionsmedicin på CBH-skolan leds av professor Mathias Uhlén och har sina lokaler på SciLifeLab Stockholm.

Huvudprojektet för denna grupp är ”Human Protein Atlas”-projektet (www.proteinatlas.org) och vi ska nu rekrytera en postdoc med stark bioinformatikbakgrund till projektet “Visual Analytics for Enhancing Quality and Trust in Genome-wide Expression Clustering and Annotation”.

Det finns ett behov av att göra en funktionell helgenomsannotering av de proteinkodande generna för att få en djupare förståelse av däggdjursbiologi. Inom detta projekt kommer en ny datadriven strategi utvecklas baserad på tydbar, icke-väglett lärande av gener med samvarierande uttryck över kroppens alla vävnader med hjälp av spjutsspetsteknik inom visuell analys. Interaktiv guidning av klustringsprocessen kommer användas för att utforska genuttryckslandskapet i människan, samt i andra däggdjur, för att kartlägga alla proteinkodande gener i alla större celltyper, vävnader och organ. Målet för denna postdoc-position är forskning och utveckling av denna klustringsstrategi för att genomföra analyser av storskaligt data. Arbetsuppgifterna inbegriper deltagande i forskningsarbete inom avdelningen för systembiologi på Institutionen för Proteinvetenskap, KTH Solna campus och SciLifeLab.

Denna position a?r en del av ett samarbete mellan de tva? sto?rsta forskningsprogrammen i Sverige, Wallenberg AI, Autonomous Systems and Software Program, (WASP) samt SciLifeLabs och Wallenbergs nationella program fo?r datadriven livsvetenskap (Data-Driven Life Science, DDLS). Ma?let a?r att lo?sa banbrytande tva?rdisciplina?ra forskningsfra?gor.

SciLifeLabs och Wallenbergs nationella program fo?r datadriven livsvetenskap (Data-Driven Life Science, DDLS) a?r ett 12-a?rigt initiativ fokuserat pa? datadriven forskning inom omra?den som a?r no?dva?ndiga fo?r att fo?rba?ttra ma?nniskors liv, uppta?cka och behandla sjukdomar, skydda biodiversitet och skapa ha?llbarhet. Programmet kommer att utbilda och sto?tta na?sta generation av forskare inom livsvetenskap och skapa en stark datavetenskaplig bas. Programmet avser sta?rka nationella samarbeten mellan universitet, koppla samman forskare inom livs- och datavetenskap samt att skapa samarbeten med industri, sjukva?rden och andra nationella och internationella akto?rer. La?s mer: https://www.scilifelab.se/data-driven

Wallenberg AI, Autonomous Systems and Software Program, WASP, är Sveriges största enskilda forskningsprogram i modern tid. Programmet skapar en plattform för akademisk forskning och utbildning i nära samarbete med ledande svensk teknikintensiv industri. Forskningen innefattar artificiell intelligens och autonoma system som verkar i samarbete med människor och som anpassar sig till sin omgivning med hjälp av sensorer, information och kunskap och skapar intelligenta system av system. WASPs vision är excellent forskning och kompetens inom artificiell intelligens, autonoma system och mjukvara till gagn för svensk industri. Läs mer: https://wasp-sweden.org/

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö
- Ett nära samarbete med forskargrupper på Linköpings Universitet samt Linnéuniversitetet i Växjö
https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050

Kvalifikationer
Krav

- Avlagd doktorsexamen inom bioinformatik, biostatistik, bioteknologi, datavetenskap eller liknande (eller utländsk examen som bedöms motsvara en doktorsexamen), som har avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång (med vissa undantag för särskilda skäl såsom perioder av sjuk- eller föräldraledighet, vänlige ange om sådant skäl föreligger i ditt CV).
- Den sökande skall ha en stark bakgrund i bioinformatik, datavetenskap, beräkningsbiologi eller motsvarande med en djupgående kunskap inom biologi och biostatistik och urvalet kommer baseras på meriter och färdigheter.
- God kunskap och erfarenhet av metoder för klustring och dimensionsreducering
- Dokumenterad och omfattande erfarenhet av hantering, visualisering, analys och integration av storskaliga multi-dimensionella biologiska dataset. God kännedom om bioinformatiska verktyg, paket, algoritmer och databaser.
- Avancerade färdigheter inom programmering, främst i R, Python eller Perl, samt erfarenhet av att arbeta i en UNIX/LINUX miljö.

Vidare ser vid att du har en god pedagogisk förmåga med en hög vetenskaplig skicklighet liksom problemlösande analysförmåga. Vi ser gärna att du kan arbeta strukturerat, har en hög grad av självständighet, samt en god förmåga att lätt kunna samarbeta med andra. Det är också viktigt att du visar god förmåga att muntligt och skriftligt kommunicera och presentera forskning på engelska då det krävs i det dagliga arbetet.

Meriterande

Meriterande är att du har en medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskilt fokus på jämställdhet.

Vi kommer att lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter
Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898.

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time).

Om anställningen
Anställningen gäller tillsvidare dock längst 2 år. 

En anställning som postdoktor är en tidsbegränsad meriteringsanställning med huvudinriktning mot forskning avsedd som ett första karriärsteg efter disputation.

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering läs mer här.


Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser. Visa mindre

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Forskningsingenjör inom Bioinformatik/Systemutveckling

Tjänsten är placerad på SciLifeLab i Solna.

SciLifeLab är ett nationellt centrum för storskalig livsvetenskaplig forskning med en avancerad teknologisk infrastruktur. Läs mer om verksamheten på: https://www.scilifelab.se/

Arbetsuppgifter
Vi söker en Bioinformatiker / Systemutvecklare till vårt produktionsteam på National Genomics Infrastructure (NGI), en av Europas största sekvenseringsanläggningar. NGI- Stockholm tillhandahåller storskalig sekvensering, samt kunskap om denna, till svenska forskargrupper. Verksamhetens mål är att främja svensk forskning inom genomik, samt att hålla Sverige konkurrenskraftigt inom fältet. Detta uppnås genom att arbeta mot hög kvalitet på både data, analyser och service. Läs mer om NGIs verksamhet på: https://ngisweden.scilifelab.se/about   

Den sökande kommer att arbeta med kvalitetskontroll, analys och leverans av sekvensdata. Arbetet kommer även att innefatta utveckling, förbättring och underhåll av informatiklösningar för hantering av produktionens interna dataflöden. Fördelningen mellan de olika arbetsuppgifterna kommer att bero på den sökandes erfarenhet.

Arbetsuppgifterna kommer bl a innefatta följande

- Kvalitetskontroll och leverans av sekvensdata
- Analys av sekvensdata enligt “best-practice” protokoll samt tolka och bedöma analysresultat
- Systemadministration av centrala IT-system
- Koordinering av programvaruinstallationer och underhåll av analysservrar
- Automatisering av data- och analysflöden
- Underhåll och utveckling av interna informationsdatabaser
- Besvara supportärenden och kommunicera med externa beställare
- Visualisering av processförlopp och resultat

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö

https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050.

Kvalifikationer
Krav
- Avlagd examen på grundnivå eller avancerad nivå (högskoleutbildning) inom ämnet för anställningen eller motsvarande kompetens.
- Utmärkta programmeringskunskaper. Erfarenhet att arbeta med Python, Perl, Java eller  C/C++.
- Erfarenhet av arbete med versionshanteringsverktyg som git
- Väl förtrogen med att arbeta i Linux-/Unixmiljö Utmärkt kommunikations- och samarbetsförmåga
- Flytande engelska i tal och skrift då det krävs i det dagliga arbetet

Meriterande
- Tidigare erfarenhet av att analysera NGS data. 
- Erfarenhet av användning av datorkluster (HPC eller Cloud).
- Erfarenhet av webbapplikationsutveckling, databasadministration.
- Erfarenhet av att arbeta med LIMS (Laboratory Information Management Systems)
- Medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskild fokus på jämställdhet.

Personliga Egenskaper
Fo?r att lyckas och trivas i den ha?r rollen sa? tror vi att du a?r en sja?lvga?ende problemlo?sare, med ett strukturerat och kvalitetsmedvetet arbetssa?tt. Du har god kommunikationsfo?rma?ga i ba?de tal och skrift. Det a?r ocksa? viktigt med en bra samarbetsfo?rma?ga.

Vi kommer att lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter
Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898. 

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska innehålla:
1. CV inklusive relevant yrkeserfarenhet och kunskap.
2. Personligt brev, max 2 sidor långt.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (CentralEuropean Time/Central European Summer Time).

Om anställningen 
Anställningen gäller tidsbegränsat enligt avtal - i upp till 24 mån, dock längst tom 31/12 2023. 
Tillträde enligt överenskommelse.

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering https://www.kth.se/om/work-at-kth/processing-of-personal-data-in-the-recruitment-process-1.823440.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser. Visa mindre

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Arbetsuppgifter
Nu söker vi efter en forskningsingenjör med uppgift att utföra transkriptom-analys på vävnader utifrån frågeställningar inom hälsa och sjukdom.

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö

https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050

Kvalifikationer
Krav

- Avlagd examen på grundnivå eller avancerad nivå (högskoleutbildning) inom ämnet för anställningen eller motsvarande kompetens.
- Praktiskt erfarenhet inom transkriptomanalys, odling av humana cancerceller, immunohistokemi och djurmodeller för prostatacancer

Meriterande

Vi söker dig som är van vid att självständigt planera och utföra ditt arbete. Du har lätt för att samarbeta med andra och en har en medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskild fokus på jämställdhet.

Vi kommer lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter
Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898. 

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (CentralEuropean Time/Central European Summer Time).

Om anställningen 
Anställningen gäller tidsbegränsat enligt avtal - i upp till 12 mån, omfattning 40%, med tillträde enligt överenskommelse.

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering https://www.kth.se/om/work-at-kth/processing-of-personal-data-in-the-recruitment-process-1.823440.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser. Visa mindre

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?
Centrum för translationell mikrobiomforskning (CTMR) expanderar och etablerar nu ett team dedikerat till utveckling av mjukvara och systemstöd till vår forskningsverksamhet.

Vi söker därför en senior utvecklare för att stärka vårt IT team. Tjänsten är en unik och spännande möjlighet för dig som vill jobba med avancerad forskning inom mikrobiomfältet. Det finns visst utrymme att utforma tjänsten utifrån dina kompetenser och intresseområden. 

Vi erbjuder en omväxlande labbnära miljö där du arbetar i nära samarbete med både andra bioinformatiker, forskare, systemutvecklare, och labbpersonal. CTMR:s mål är att bidra till stor framtida samhällsnytta genom mikrobiomforskning och ett robust team med bioinformatiker är en förutsättning för att hantera de datamängder som produceras, för att genom bioinformatisk och statistisk analys nå forskningscentrets mål.

Din roll
Ditt mål är att bidra till utredningen vilken roll det mänskliga mikrobiomet spelar i olika sammanhang. Du kommer leda avancerade dataanalyser av mänskliga mikrobiom och multi-omics dataset i flertalet projekt, ofta i nära samarbete med labbpersonal, kliniska samarbetspartners, och gruppledare. Dina dagliga arbetsuppgifter inkluderar “data cleaning”, dataintegrering, visualisering, och statistisk analys. Annotering av data och kvalitetskontroll är en integral del av ditt arbete. Du förväntas hålla dig ajour med relevant vetenskaplig litteratur och skriva forskningsartiklar både som första- och medförfattare.

Vem är du?
Vi söker en ansvarskännande och driftig person som är positiv, flexibel och pedagogisk. Arbetet ställer höga krav på noggrannhet, planeringsförmåga, självständighet, servicevilja och ett strukturerat arbetssätt. Du arbetar på ett mycket dynamiskt sätt och har lätt att anpassa dig till omprioriteringar. Vi förväntar oss att du arbetar både självständigt och i grupp. [Textbrytning]Det är väldigt viktigt att kunna kommunicera väl med andra forskare, kliniska samarbetspartners, och kollegor om arbetet. En oerhört viktig komponent är visualisering av komplexa data för att kunna förmedla forskningsfynd till berörda parter. Du behöver ha en god samarbetsförmåga och kunna arbeta parallellt med olika projekt.

Krav:

- Doktorsexamen i bioinformatik eller bioteknologi
- Minst tre års erfarenhet av bioinformatiskt forskningsarbete med mänsklig mikrobiomdata på postdoktoral nivå
- Dokumenterad erfarenhet av programmering i språk som R eller Python
- Erfarenhet av att arbeta med bioinformatiska verktyg via Docker och Singularity eller liknande
- Dokumenterad erfarenhet av arbete inom mikrobiomforskning med både 16S och shotgunmetagenomik
- Erfarenhet av metodutveckling och workflowutveckling för bioinformatik
- Engelska på professionell nivå

För att effektivt kunna utföra dina arbetsuppgifter är det dessutom bra om du har:

- Erfarenhet av våtlabb
- Erfarenhet av handledning av kandidat- och masterstudenter
- Erfarenhet av assemblering och analys av virussekvenser, inkl. SARS-CoV-2

Vi kommer lägga stor vikt vid personlig lämplighet.

Vad erbjuder vi?
En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet även en statlig myndighet. Det innebär att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal, generös semester och en bra tjänstepension. Du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

 

Placering: Solna

https://ki.se/en/research/centre-for-translational-microbiome-research-ctmr

 



 

Ansökan
Varmt välkommen med din ansökan senast den 29/8 2021.

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker med du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet. 

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.

Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss Visa mindre

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Science for Life Laboratory (SciLifeLab, https://www.

scilifelab.se/) är ett nationellt centrum för storskalig livsvetenskaplig forskning med en avancerad teknologisk infrastruktur. Vid SciLifeLab utförs multidisciplinär forskning baserad på DNA sekvensering, genexpressionanalys, proteomik, bioinformatik, biostatistik och systembiologi. Målsättningen är att göra det möjligt för svenska forskare att analysera gener, transkript och proteiner i olika organismer i avsikt att klarlägga molekylära mekanismer relaterade till hälsa och miljö. Exempel på tematiska forskningsområden som för närvarande bearbetas inom SciLifeLab är klinisk genomik/proteomik, cancergenomik och komplexa sjukdomars genomik samt ekologisk och miljörelaterad genomik.

Arbetsuppgifter
Professor Tuuli Lappalainens forskargrupp letar efter en forskare som kan leda och samordna projekt inom funktionell genomik, särskilt på den experimentella sidan med fokus på CRISPR och encelliga metoder samt transkriptomik. Ungefär hälften av arbetstiden kommer att ägnas åt ledning av forskningsprojekt som resulterar i publikationer och resterande tid kommer att ägnas åt samordning av laboratorieverksamhet, upprättande av nya protokoll och praxis, utbildning av personal och studenter, samt att hjälpa till med ansökningar om bidrag.

Då Dr. Lappalainen nyligen flyttade till KTH kommer personen som tillträder denna position att spela en viktig roll vid etableringen av det nya laboratoriet och arbeta nära PI för att utveckla en experimentell forskningsstrategi. Positionen erbjuder en möjlighet att utveckla en mycket oberoende roll. Dr. Lappalainen är chef för National Genomics Infrastructure vid SciLifeLab och associerad fakultetsmedlem vid New York Genome Center, personen som tillträder rollen kommer även att ha ett nära samarbete med dessa team.

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid.
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö.
- En möjlighet att ingå i en internationell forskargrupp i genomforskningens framkant.
- En kreativ roll med hög grad av självständighet.
- En möjlighet att utveckla färdigheter och CV för en framtida karriär som forskare eller som oberoende PI.
- Tillfälle att besöka New York Genome Center för att lära sig deras arbetssätt och överföra dem till KTH-labbet.
- Ett nära samarbete med genomik-plattformen på SciLifeLab samt andra plattformar och laboratorier på Campus Solna.
- Arbete i Stockholm med närhet till naturen.

https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050

Kvalifikationer
Krav

- Avlagd doktorsexamen inom genomik eller utländsk examen som bedöms motsvara en doktorsexamen. 
- Forskningskompetens inom molekylärbiologiska metoder, inklusive vävnads- och cellodling och sekvensering med hög kapacitet.
- Dokumenterad förmåga av driva framgångsrika forskningsprojekt.
- Färdigheter och erfarenhet av studiedesign, produktion och företrädesvis även analys av storskaliga datamängder inom genomik.
- Utmärkta kunskaper i engelska, både muntligt och skriftligt.

Meriterande 

- Mer än två års erfarenhet inom akademi eller industrin efter doktorsexamen.
- Erfarenhet av CRISPR och/eller encelliga metoder.
- Erfarenhet av att utveckla och leda aktiviteter och personal.
- Kunskap om mångfald och lika möjligheter, med särskilt fokus på jämställdhet.

Personliga egenskaper

För att trivas och lyckas i rollen är det viktigt att du har god samarbetsförmåga. Du är duktig på att organisera ditt arbete och har en hög grad av självständighet. Du har en väl utvecklad undervisningsförmåga. Du har pedagogisk förmåga och lätt för att informera om forsknings- och utvecklingsarbete inklusive utmärkta skriv- och kommunikationsförmåga. Förmåga att verka för att forskningsresultat kommer till nytta.

Vi kommer lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter
Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898. 

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in. Din kompletta ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista dagen för ansökningsperioden.

Din ansökan måste innehålla ett CV med en lista över tidigare publikationer och en kortfattad redogörelse för varför du vill bedriva forskning, dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål. Max 2 sidor lång.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (CentralEuropean Time/Central European Summer Time).

Om anställningen 
Anställningen gäller tidsbegränsat enligt avtal - i upp till 24 månader, med tillträde enligt överenskommelse.

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering https://www.kth.se/om/work-at-kth/processing-of-personal-data-in-the-recruitment-process-1.823440.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser. Visa mindre

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH) är en av KTH:s fem skolor och en stark konstellation för forskning och utbildning inom de bredare ämnesområdena hälsa, miljö, material och energi.

Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa bedriver forskning och utbildning inom områden som rör flera globala samhällsutmaningar. Bland dem finns hållbar energi, hälsa och åldrande befolkningar, klimatförändringar, hållbar produktion och arbetsliv, livsmedelsproduktion och rent vatten.

Science for Life Laboratory (SciLifeLab, https://www.scilifelab.se/) är ett nationellt centrum för storskalig livsvetenskaplig forskning med en avancerad teknologisk infrastruktur. Vid SciLifeLab utförs multidisciplinär forskning baserad på DNA sekvensering, genexpressionanalys, proteomik, bioinformatik, biostatistik och systembiologi. Målsättningen är att göra det möjligt för svenska forskare att analysera gener, transkript och proteiner i olika organismer i avsikt att klarlägga molekylära mekanismer relaterade till hälsa och miljö. Exempel på tematiska forskningsområden som för närvarande bearbetas inom SciLifeLab är klinisk genomik/proteomik, cancergenomik och komplexa sjukdomars genomik samt ekologisk och miljörelaterad genomik.

Arbetsuppgifter
Professor Tuuli Lappalainens forskargrupp söker en postdoktor till projekt med fokus på funktionella effekter av genetiska varianter hos människor. Projekten kan vara helt inriktade på beräkning, eller ha både experimentella komponenter och beräkningskomponenter. Projektet eller projekten kan bygga på befintliga forskningsprojekt och datauppsättningar i labbet eller pågående samarbetsinsatser. Postdoktorn kan också föreslå och driva sina egna idéer som passar laboratoriets allmänna forskningsprogram (se https://tllab.org/).

Dr. Lappalainen är chef för National Genomics Infrastructure of SciLifeLab och associerad fakultetsmedlem vid New York Genome Center, den person som tillträder tjänsten kommer att ha ett nära samarbete med dessa team.

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö.
- En möjlighet att forska i en internationell forskargrupp i genomikens framkant
- En kreativ roll som kombinerar en hög grad av självständighet med nära mentorskap och interaktioner med kollegorna i labbet
- Nära samarbete med Dr. Lappalainens labb vid New York Genome Center och med genomik-plattformen på SciLifeLab
- En möjlighet att bedriva samarbets- och konsortieprojekt och utveckla en internationell forskarprofil

https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050

Kvalifikationer
- Avlagd doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara en doktorsexamen, inom mänsklig genetik, funktionell genomik eller ett relaterat område. Doktorsexamen ska ha avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång (med vissa undantag för särskilda skäl såsom perioder av sjuk- eller föräldraledighet, vänlige ange om sådant skäl föreligger i ditt CV).
- Stark publikationshistorik.
- Erfarenhet och skicklighet att analysera storskaliga geonomiska datamängder.

Meriterande

- Vi ser gärna att du har forskningskompetens inom analys av mänskliga genetiska data och/eller funktionella genomdata, men kandidater med en annan bakgrund är också välkomna att ansöka
- Medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskilt fokus på jämställdhet.

Personliga egenskaper

För att lyckas och trivas i rollen ser vi gärna att du har en dokumenterad god samarbetsförmåga och kan arbeta självständighet. Vidare är det viktigt att du har vetenskaplig skicklighet och pedagogisk förmåga.

Vi kommer att lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter
Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898.

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Din ansökan ska innehålla ett CV med relevant yrkeserfarenhet och kunskap, samt en kortfattad redogörelse för varför du vill bedriva forskning, dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål (max 2 sidor långt).

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time).

Om anställningen
Anställningen gäller tillsvidare dock längst två år.

En anställning som postdoktor är en tidsbegränsad meriteringsanställning med huvudinriktning mot forskning avsedd som ett första karriärsteg efter disputation.

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering läs mer här.


Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser. Visa mindre

Job description
A clinical laboratory has been set up in Solna with the goal of increasing the country's capacity to detect coronavirus infection. The lab was established in April 2020 and has rapidly expanded, currently employing 60 co-workers. The laboratory is located within Biomedicum in Solna, which offers state-of-the-art technology for viral diagnostics. ABC labs is now aiming to further expand the staff with an experienced bioinformatician. The work will primarily involve analysis of sequence data from patient samples, but other tasks may also be added. The assignment is intended to start as soon as the right candidate is identified, so do not hesitate to send in your application as soon as possible!

Responsibilities
In this role, you will be responsible for the analysis of large-scale data sets generated from clinical samples. You will have overall responsibility for the bioinformatics and statistical analysis carried out at ABC-Labs. The work also includes data storage and handling, as well as having an advisory role regarding data generated for patient diagnostic purposes.

You will be working with people with varying nationalities and, as such, it is necessary that you have the ability to express yourself fluent in English, both verbally and in writing. Furthermore we believe you are someone who is responsible, with collaborative and communicative prowess. Your personal qualities are of utmost importance.



Qualifications


Degree in bioinformatics together with work experience within bioinformatics / systems biology. 
Previous experience of having analyzed large datasets is a must. 
It is meritorious if you have experience in programming in any of the following languages; R, Pearl, and / or Matlab. 
If you have previous experience of bioinformatics work and processing of NGS data related to infectious diseases, virus sequencing and virus terminology, we see it as a big plus. 
Having experience with handling patient data and the quality requirements that this entails is highly meritorious.

For this role, it is important to be able to independently plan and document your work. At the same time, you understand the importance of working in a team and it is therefore key that you are flexible with good collaborative ability. As a person, you are structured, thorough and communicative. As the lab is relatively new and is developing at a fast pace, it is an advantage if you are adaptable and can see opportunities for improvement. With us, the pace can occasionally be high, and it is therefore important that you are result-driven and enjoy working efficiently and with high quality.



Application
In the recruitment of these services, ABC labs collaborates with Randstad Life Sciences. For further information about the assignment, please contact recruitment consultant Peter Janson, +46766287150 [email protected]

About the company
ABC Labs is a company created during Spring 2020 in response to the ongoing COVID-19 pandemic to quickly scale-up national testing capacity and deploy testing through partnerships with digital and physical care providers - creating an infrastructure for producing cost-effective high throughput testing post-pandemic. In less than two month after the first employees started at ABC, we performed our first analyses, and less than five months later, we are one of the most significant private actors supporting the national strategy against COVID-19. Speed and flexibility without ever compromising quality is characteristic of ABC and the people working here. We work as a team, everybody contributes to the culture of having fun and striving for being the best. We celebrate progress and constantly strive for improvement. We work hard, because we know we are making a difference, not only in our space of laboratory, but also on a wider societal scale. Visa mindre

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH) är en av KTH:s fem skolor och en stark konstellation för forskning och utbildning inom de bredare ämnesområdena hälsa, miljö, material och energi.

Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa bedriver forskning och utbildning inom områden som rör flera globala samhällsutmaningar. Bland dem finns hållbar energi, hälsa och åldrande befolkningar, klimatförändringar, hållbar produktion och arbetsliv, livsmedelsproduktion och rent vatten.

Science for Life Laboratory (http://www.scilifelab.se/) är ett nationellt centrum för storskalig livsvetenskaplig forskning med en avancerad teknologisk infrastruktur. Vid SciLifeLab utförs multidisciplinär forskning baserad på DNA sekvensering, genexpressionanalys, proteomik, bioinformatik, biostatistik och systembiologi. Målsättningen är att göra det möjligt för svenska forskare att analysera gener, transkript och proteiner i olika organismer i avsikt att klarlägga molekylära mekanismer relaterade till hälsa och miljö. Exempel på tematiska forskningsområden som för närvarande bearbetas inom SciLifeLab är klinisk genomik/proteomik, cancergenomik och komplexa sjukdomars genomik samt ekologisk och miljörelaterad genomik.

Arbetsuppgifter
Din primära arbetsuppgift är att utveckla, utföra och kvalitetssäkra arbetsmoment inom analys av DNA sekvensdata med syfte att utveckla framtidens diagnostiska analyser, samt i samarbete med kliniker implementera dessa inom svensk sjukvård. Arbetet kommer att utföras i team tillsammans med personer med laborativa uppgifter, bioinformatiker samt IT utvecklare och administratörer. Vi fäster stor vikt vid att personen kan samarbeta med övriga teamet, och har förmåga att självständigt prioritera i det dagliga arbetet för att hjälpa gruppen nå sina långsiktiga mål.

Vi erbjuder arbete i en spännande verksamhet där vi nu önskar utöka vårt team med en data analytiker för att tillsammans med nuvarande team och våra samarbetspartners utveckla och introducera diagnostiska metoder baserade på storskalig DNA sekvensering inom sjukvården.

Arbetet kommer att ske inom Enheten Clinical Genomics (Stockholm) som är en nationell forskningsinfrastruktur vid SciLifeLab. Tillsammans med vårdgivare i Sverige jobbar vi för att utveckla och implementera avancerade tester baserade på DNA sekvensering inom sjukvården. Syftet är att säkerställa att diagnostiken i Sverige ligger i internationell framkant.

Vi jobbar i nära samarbete med genetiker, molekylärbiologer, bioinformatiker, läkare med flera, både på SciLifeLab och hos olika vårdgivare i Sverige. I vårt team jobbar idag närmare 40 medarbetare, och vi kan erbjuda en spännande arbetsmiljö, ett arbete där målsättningen är att långsiktigt förbättra den vård patienter erhåller, utmanande arbetsuppgifter och en gruppkänsla där alla arbetar mot samma mål.

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö

https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050

Kvalifikationer
Krav

- Avlagd examen på grundnivå eller avancerad nivå (högskoleutbildning) inom ämnet för anställningen eller motsvarande kompetens (molekylära livsvetenskaper, statistik, matematik eller datavetenskaper).
- Erfarenhet av statistik, matematik och arbete med matematiska modeller
- Erfarenhet av artificiell intelligens, maskininlärning
- Erfarenhet av programmering i Python och R, samt bekväm med arbete i linuxmiljö
- Obehindrat behärska engelska i skrift och tal
- Ämnesskicklighet
- Yrkesskicklighet.
- Medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskild fokus på jämställdhet

Meriterande
Vi ser gärna att du har erfarenhet från:

- Molekylära analyser inklusive NGS data
- Testning av mjukvara och annan kvalitetssäkring av kod
- Github eller motsvarande resurs för versionskontroll mm av kod

Personliga egenskaper

För att lyckas och trivas i yrkesrollen är du som person strukturerad, kvalitetsmedveten, självständig och initiativtagande.

Du har även god samarbetsförmåga som främjar arbete i grupp.

I rekryteringen kommer stor vikt läggas vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter
Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898. 

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (CentralEuropean Time/Central European Summer Time).

Om anställningen 
Tidsbegränsad anställning i upp till 24 månader, med tillträde enligt överenskommelse.

Anställningen gäller tillsvidare eller tidsbegränsas enligt avtal.

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering https://www.kth.se/om/work-at-kth/processing-of-personal-data-in-the-recruitment-process-1.823440.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser. Visa mindre

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH) är en av KTH:s fem skolor och en stark konstellation för forskning och utbildning inom de bredare ämnesområdena hälsa, miljö, material och energi.

Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa bedriver forskning och utbildning inom områden som rör flera globala samhällsutmaningar. Bland dem finns hållbar energi, hälsa och åldrande befolkningar, klimatförändringar, hållbar produktion och arbetsliv, livsmedelsproduktion och rent vatten.

Science for Life Laboratory (SciLifeLab, https://www.scilifelab.se/) är ett nationellt centrum för storskalig livsvetenskaplig forskning med en avancerad teknologisk infrastruktur. Vid SciLifeLab utförs multidisciplinär forskning baserad på DNA sekvensering, genexpressionanalys, proteomik, bioinformatik, biostatistik och systembiologi. Målsättningen är att göra det möjligt för svenska forskare att analysera gener, transkript och proteiner i olika organismer i avsikt att klarlägga molekylära mekanismer relaterade till hälsa och miljö. Exempel på tematiska forskningsområden som för närvarande bearbetas inom SciLifeLab är klinisk genomik/proteomik, cancergenomik och komplexa sjukdomars genomik samt ekologisk och miljörelaterad genomik.

Arbetsuppgifter
Tjänsten innefattar utveckling av algoritmer för släktskapsanalys av enskilda celler hos människan. I arbetsuppgifterna ingår bioinformatisk analys av sekvenseringsdata från enskilda cellers transkriptom samt design och implementering av nya metoder för att härleda släktskap genom analys av de novo mutationer i mitokondriellt DNA.

Ansvarsområden inkluderar självständig utveckling av analysmetoder samt tolkning av resultat ur tekniskt och cellbiologiskt perspektiv.

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö

https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050

Kvalifikationer
Krav
- Avlagd examen på grundnivå eller avancerad nivå (högskoleutbildning) inom ämnet för anställningen eller motsvarande kompetens, exempel inom regenerativ medicin eller stamcellsbiologi.
- Stor ämnesskicklighet och yrkesskicklighet.
- Dokumenterad erfarenhet av släktskapsanalys av enskilda celler hos människan med stöd av vetenskapliga publikationer.

Meriterande
- Bioinformatikstudier på forskarnivå.
- Erfarenhet från seniorroll, helst från korresponderande författare i vetenskapliga publikationer inom ämnet.
- Stor motivation och intresse för att besvara biologiska frågeställningar som rör cellnybildning hos människan.
- Intresse för och är medvetenheten om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskild fokus på jämställdhet

Personliga egenskaper
För att lyckas och trivas i rollen har du god förmåga att arbeta självständigt och en väl utvecklad samarbetsförmåga. Du är mål- och resultatorienterad i ditt arbete. Vidare har du en problemlösande analysförmåga.



Vi kommer lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter
Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898. 

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (CentralEuropean Time/Central European Summer Time).

Om anställningen 
Tidsbegränsad anställning i upp till 6 månader, med tillträde enligt överenskommelse.

Anställningen gäller tidsbegränsat enligt avtal .

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering https://www.kth.se/om/work-at-kth/processing-of-personal-data-in-the-recruitment-process-1.823440.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser. Visa mindre

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.


Det gemensamma verksamhetsstödets (GVS) uppgift är att stötta universitetets kärnverksamhet utbildning och forskning. Det gör vi genom att ge kvalificerat stöd i olika administrativa processer. Samtidigt är vi inom verksamhetsstödet policyskapande och samordnande. Vi ansvarar även för att utföra kvalitetskontroller, uppföljningar och utvärderingar som utvecklar verksamheten.



SciLifeLab är ett samarbete mellan fyra universitet i Stockholm och Uppsala: Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet.

Centret kombinerar avancerad teknik med ett brett kunnande inom translationell medicin, miljöforskning och molekylär biovetenskap. SciLifeLab har från 2013 ett uppdrag från regeringen att verka som forskningsinfrastruktur för att understödja forskare nationellt samt utgöra ett internationellt ledande centrum för storskaliga analyser inom molekylära biovetenskaper ämnat för forskning inom hälsa och miljö. Den del av SciLifeLabs verksamhet som ligger i Stockholm är uppbyggd av ett stort antal forskargrupper som formellt tillhör en institution på något av de tre universiteten i Stockholm eller är delaktiga via ett industriellt samarbete. Anställningen ligger formellt vid Universitetsförvaltningen på KTH, men arbetsplatsen är i SciLifeLabs lokaler nära Karolinska Institutet i Solna. Det totala antalet personer inom SciLifeLab i Solna är idag ca 1000.

Arbetsuppgifter

Vi söker dig som är mycket driven och erfaren inom projektledning och koordinering samt har djup kunskap om life science sektorn i Sverige till Samverkanskontoret vid SciLifeLab. Samverkanskontoret fokuserar på strategier för samverkan mellan SciLifeLabs akademiska infrastruktur- och forskningsverksamhet och industri- och sjukvårdssektorerna. Tjänsten vi erbjuder är en spännande och ansvarsfull roll inom en av Europas mest framstående forskningsmiljöer. 

I rollen ingår att identifiera, upprätta, koordinera och följa upp samverkansprojekt mellan SciLifeLabs forsknings- och infrastrukturmiljöer med specifik fokus på aktörer från life science industrin. Tjänsten omfattar: kommunikation och stöd för SciLifeLabs forskare och anläggningar gentemot industri och branschorganisationer, koordinering med innovationssystemet, stöd till evenemang med riktning mot externa parter, identifiering av finansieringsmöjligheter, samt stöd till utveckling och upprättande av SciLifeLabs generella samverkansstrategier. Det dagliga arbetet sker i tät dialog med övriga nyckelfunktioner inom SciLifeLabs operativa verksamhet och ledningsgrupp. 

Tjänsten är baserad i Solna men arbete sker även vid SciLifeLab:s kontor i Uppsala. Nationellt och internationellt resande kan förekomma.

Samverkanskontoret

Samverkanskontoret är en strategisk satsning inom SciLifeLabs verksamhetskontor, Operations Office, och finansieras av SciLifeLabs nationella budget samt Vetenskapsrådet.  Syftet med enheten är att öka SciLifeLabs samverkan med nationella och internationella forskningsmiljöer utanför akademin. Enheten arbetar även brett med strategiskt stöd till ledningsgruppen och styrelsen samt i tät dialog med övriga enheter inom Operations Office – med betoning på kommunikation, strategiutveckling och event. Befattningen rapporterar till SciLifeLabs verksamhetschef.

Kvalifikationer

Vi söker dig som är självständig och driven, mycket effektiv och som snabbt får en god blick av helheten. Du har förmågan att se möjligheter till förändring, innovation och förbättring i verksamheter, kapaciteten att driva igenom nya initiativ, samt har fingertoppskänsla för vikten av tydlig och informativ kommunikation.  Du har hög arbetskapacitet och är fokuserad, men också en prestigelös lagspelare som inte rädd att kavla upp ärmarna för att hjälpa till där det behövs. 

Du har en universitetsutbildning inom molekylärbiologi, kemi, medicin, eller liknande område med erfarenhet av att arbeta med samverkansfrågor inom akademi eller relevanta roller inom industrin, gärna med erfarenhet från flera sektorer. God kännedom av det svenska life science ekosystemet (diagnostik, läkemedel and IT) och ett starkt kontaktnätverk är ett grundkrav.  Du har dokumenterat god administrativ- och organisationsförmåga och ett strukturerat arbetssätt. Du har mycket goda språkkunskaper i svenska och engelska, såväl muntligt som skriftligt. Erfarenhet av projektledning är meriterande, likväl som erfarenhet av kontraktskrivning, policyutveckling samt samverkan mellan akademi och industri. Bland meriterande förmågor kan nämnas skicklighet i presentationsteknik, förmåga att representera organisationen på ett professionellt sätt, förmåga att identifiera samarbetsmöjligheter samt förmåga att delta i förhandlingar och arbete med jurister.

Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper och dokumenterad förmåga att som person vara initiativtagande, flexibel och självgående. Du har mycket god social förmåga, är förtroendeingivande och har lätt att skapa nya kontakter.

Fackliga representanter

Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898. 


Ansökan

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in. Din kompletta ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista dagen för ansökningsperioden.

Anställningen inleds med sex månaders provanställning.

Övrigt

Jämställdhet, mångfald och avståndstagande från alla former av diskriminering är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering https://www.kth.se/om/work-at-kth/processing-of-personal-data-in-the-recruitment-process-1.823440.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser. Visa mindre

Division
MTC is offering a research assitant position in the field of Bioinformatics to work in the group of Dr.

Vicente Pelechano. The group combines experimental and computational approaches to develop and apply novel genome-wide techniques to investigate eukaryotic transcription and gene [removed]Pelechano et al.Nature 2013, Chabbert et al. Mol. Syst. Biol. 2015, Pelechano et al. Cell 2015).

We are especially interested in understanding the regulatory mechanisms leading to the appearance of divergent gene expression programs in clonal cell population (http://pelechanolab.com/). Different cells in a population can present varying responses to the same stimulus. In some cases these differences are attributable to genetic mutations, such as the appearance of drug-resistant cells in bacterial and cancer populations. However, in other cases identical (clonal) cells can also display phenotypically heterogeneous responses. This non-genetic heterogeneity has a poorly understood origin but a significant impact on biology and human health. We combine the development of state-of-the art genome-wide approaches with the molecular dissection of fundamental biological problems.

Our lab is located in the newly established Science for Life Laboratory (SciLifeLab, http://www.scilifelab.se/) in the Karolinska Institute campus. SciLifeLab is equiped with state-of-the-art instrumentation and core facilities, and is home to the second largest sequencing cluster in Europe. SciLifeLab Stockholm is a joint effort between Karolinska Institute, the Swedish Royal Institute of Technology (KTH) and Stockholm University, and hosts research groups with diverse backgrounds and expertise, including basic biology, drug discovery, genomics, bioengineering, and translational medicine.

Duties
The available research assistant position concerns contributing to the development of computational approaches to study ribosome dynamics and RNA metabolism. The candidate will focus on the computational analysis of newly developed methods to study ribosome dynamics, mRNA degradation and tRNA processing (e.g. Pelechano et al. Cell 2015). The candidate will work together with PhD students and postdoctoral researchers in the lab and is expected to contribute his/her own ideas to the common goal of understanding how RNA biology and post-transcriptional regulation contributes to the appearance of differences across clonal populations of cells. The candidate will perform original research in genomics and computational biology, and acquire the required experimental and computational skills necessary for the completion of the project. The candidate will contribute to the implementation of analytical pipelines and integrate different kinds of genomic data to answer biologically relevant questions. The successful candidate will show scientific initiative and collaborate with other team members. The candidate is expected to communicate the scientific results by writing up scientific papers and attending scientific meetings. The ideal candidate is also expected to participate in the general duties of the team and to effectively communicate with scientists of very diverse backgrounds in a highly interdisciplinary and international environment.

Entry requirements
The successful applicant should be a positive, flexible person with good communication skills and abilities to collaborate and work in a highly dynamic international research team. The candidate needs to be able to work both in a team as well as independently. The successful applicant should have experience interpreting biological data and computationally testing their hypothesis. The successful candidate is expected to have good knowledge of molecular biology (e.g. Master level). The candidate should be proficient in NGS data analysis, Python and UNIX/Linux. Experience in other scripting languages (e.g. R, Perl) will be beneficial. Preferred experience also includes familiarity with eukaryotic translation, RNA biology, ribosome profiling analysis, CLIP or CRAC methods, RNA-Seq, and general molecular biology techniques. A strong interest in interdisciplinary technology development, and novel and creative thinking abilities are essential. Applicants wishing to integrate computational and experimental biology approaches are also encouraged to apply.

Application process
The application is to be submitted in Varbi recruitment system.

An employment application must contain the following documents in English:

- Cover letter motivating the application
- A complete curriculum vitae, previous academic or industrial positions, academic title, current position, academic distinctions, and committee work. Please include email details of potential referees.
- A complete list of publications
- A summary of current work (no more than one page)
- Verifications for crediting of illness, military service, work for labour unions or student organisations, parental leave or similar circumstances
At Karolinska Institutet a 6-month trial period is required for all permanent appointments.

Karolinska Institutet is one of the world’s leading medical universities. Its vision is to significantly contribute to the improvement of human health. Karolinska Institutet accounts for the single largest share of all academic medical research conducted in Sweden and offers the country’s broadest range of education in medicine and health sciences. The Nobel Assembly at Karolinska Institutet selects the Nobel laureates in Physiology or Medicine.
Pursuant to the regulations of the Swedish National Archives, applications are kept on file for two years after the appointment has gained legal force. The regulations do not apply to attachments that have been printed or otherwise published.
Karolinska Institutet strives to provide a workplace that has approximately the same number of women and men, is free of discrimination and offers equal opportunity to everyone.
For temp agencies and recruiters, and to salespersons: We politely, yet firmly, decline direct contact with temp agencies and recruiters, as well as those selling additional job announcements. Visa mindre

Division/ Department
The Center for Translational Microbiome Research (CTMR) was started in January 2016 as a collaboration between Karolinska Institutet, Science for Life Laboratory (SciLifeLab) and Ferring Pharmaceuticals.

CTMR aims to better understand the contribution of the human microbiome to physiology and pathophysiology with the goal of opening opportunities for the development of novel therapies in the area of gastroenterology, reproductive health and neonatology. The center is also part of the Horizon 2020 initiative on microbiological research, where the ONCOBIOME project gathers 17 partners from 10 countries to do research on four different types of cancer: gastrointestinal, breast, prostate, and melanoma. The focus of CTMR in the ONCOBIOME project is processing microbiome samples from a large screening program for colorectal cancer (30k individuals).

Duties
We are looking for an experienced postdoc-level researcher to join the CTMR team as a full-time bioinformatician. The applicant will take on a leading role in CTMR’s responsibilities in the large-scale ONCOBIOME project, which studies the connection between different types of cancer and the human microbiome. The position involves bioinformatics workflow development, as well as computational and biostatistical analyses of large-scale shotgun DNA sequencing data. The tasks include analysis and integration of human microbiome data with clinical metadata to identify biomarkers in clinical patient material. The bioinformatician will be heavily involved in design and implementation of the infrastructure configuration for establishing an efficient and sustainable sequencing workflow.The development work includes automating the majority of the sequence data analysis workflow. The successful applicant will also be working closely together with wet lab research engineers, to ensure high quality sample processing at all steps: DNA extraction, sequencing library preparation, sequencing, and finally data analysis.

This bioinformatics research position concerns the following main tasks:

- Taking responsibility for the bioinformatics analysis effort of the microbiome samples of the ONCOBIOME project
- Taking responsibility for implementing the bioinformatics analysis workflow of these samples, automating sequencing data processing and setting up reliable and robust downstream bioinformatic analyses.
- Producing sample profiles (e.g. taxonomic, functional) by combining data across multiple sequencing runs (including performing routine quality control of sequencing data).
- Performing biostatistical analyses of microbiome profiles in relation to cancer types and available sample metadata.
- Being involved in the design and planning of wet lab processing

Qualifications / Requirements
We are looking for an experienced postdoc-level candidate that completed his/her PhD within the last few years. You are a careful and detail-oriented person who is not afraid of responsibility. You enjoy working together in teams and are capable of close internal cooperation, as well as interacting with external collaborators that are experts in a wide variety of fields connected to our research. You have a strong desire to deliver high quality work, on time, and have experience working independently. We expect great familiarity with bioinformatics work in a Linux environment.

In addition, applicants must have:

- Experience in working with bioinformatics tools for large-scale metagenomic (DNA) analysis
- Experience producing feature count tables from raw unprocessed shotgun sequencing data using a variety of techniques
- High familiarity with at least one scripting language, e.g. Python
- Experience with statistical analysis of shotgun metagenomics data in R, Python, or similar
- Excellent oral and written communication skills
- Fluency in English

Furthermore, it is beneficial if the applicant has:

- Experience of molecular biology lab work, including troubleshooting
- A medical or biomedical background
- Experience working with case/control or population-based studies (not necessarily human)
- Experience with workflow management systems such as Snakemake and/or Nextflow, as well as working on HPC cluster systems
- Experience of microbiome and/or cancer research

We place great emphasis on personal suitability.

Entry requirements
Qualified to be employed as a postdoctor is one who has obtained a doctorate or has equivalent scientific competence.

Application process An employment application must contain the following documents in English or Swedish:

- A complete curriculum vitae, including date of the thesis defence, title of the thesis, previous academic positions, academic title, current position, academic distinctions, and committee work
- A complete list of publications
- A summary of current work (no more than one page)
Interviews will be held continously during the application period. The application is to be submitted through the Varbi recruitment system.

Karolinska Institutet is one of the world’s leading medical universities. Its vision is to significantly contribute to the improvement of human health. Karolinska Institutet accounts for the single largest share of all academic medical research conducted in Sweden and offers the country’s broadest range of education in medicine and health sciences. The Nobel Assembly at Karolinska Institutet selects the Nobel laureates in Physiology or Medicine.
Pursuant to the regulations of the Swedish National Archives, applications are kept on file for two years after the appointment has gained legal force. The regulations do not apply to attachments that have been printed or otherwise published.
Karolinska Institutet strives to provide a workplace that has approximately the same number of women and men, is free of discrimination and offers equal opportunity to everyone.
For temp agencies and recruiters, and to salespersons: We politely, yet firmly, decline direct contact with temp agencies and recruiters, as well as those selling additional job announcements. Visa mindre